秋季要想夺取高产，必须重点处理好水分、温度、通风三者之间的关系，既要多出菇、出好菇，又要保护好菌丝，为翌年春菇生产打好基础。
一、水分管理
水分调节在整个秋菇管理中最重要，水分管理的好坏，直接影响双孢菇的产量和质量，必须认真对待。出菇后，子实体生长阶段所吸收的水分，来源于覆土层和空气中的水分。
关于双孢菇秋季水分管理的具体方法，请参阅秋季双孢菇的水分管理方法。
二、温度管理
出菇期菇棚温度应保持在18～20℃，较低温度下双孢菇子实体肥厚，不易开伞，品质较好。
秋菇前期气温较高，有时可达22℃以上，当菇棚内气温高于18℃时应设法降温，如在向阳一侧加厚薄膜上的覆盖物，并多开门窗通风降温。
中午气温高时关闭门窗，晚间清晨气温低时再开窗通风，同时在地面或墙壁上适当喷水也可降温。待温度降下后，即可整理菌床，捡去死菇及发黄菌丝束，并适当补土，使菌丝恢复正常，再进行出菇管理。
秋菇后期温度逐渐下降，应加强管理，以免温差过大，出现“龟皮裂”、“硬开伞”和“死菇”现象。
更多双孢菇温度管理细节，请点击参阅双孢菇秋季出菇期的温度管理方法。
三、通风管理
双孢菇子实体生长发育阶段呼吸作用比菌丝体生长阶段更为旺盛，排出的二氧化碳多，耗氧量大，因此，出菇后菇房内必须经常保持空气新鲜，随时通风换气。
在秋季气温偏高的前期，菇房内通风不好就会导致子实体发育不良，甚至出现幼菇萎缩死亡现象。此时菇房通风要同时提高棚内的温度，同时降低棚内的湿度。综合考虑，菇房通风应在夜间或雨天进行。无风的天气南北窗可同时打开，有风的天气只开北风窗。
为解决通风与保湿的矛盾，门窗要挂草帘，并在草帘上喷水，这样在通风的同时也能保持棚内的湿度，还可以避免热风直接吹到菇床上。
