双孢菇发菌期管理指播种至覆土这段时期的菇床管理。
播种后管理的重点是抓好菇房的温度、湿度和空气调节，以促进双孢菇菌丝在培养料中定植萌发和迅速生长，控制病虫害的发生。
1、检查培养料菌丝
培养料发菌至16～18天，先要检查培养料内是否有害虫，用绿色或红色塑料薄膜放在床面上，检查是否有害螨，如有必须将它杀灭在覆土之前。
覆土前先要对培养料打一次反扦，用2厘米粗细的木棒或竹竿，从培养料底部打洞至培养料表面，洞间距15厘米左右，目的是使培养料内在出菇阶段有充足的新鲜空气进入，并及时排除菌丝呼吸过程中产生的废气。
2、初期控温保湿发菌
发菌期最初3天以保温为主，不通风或微通风，要紧闭门窗及拔风筒。
播种后菌丝生长使料温上升，因此，要控制在28℃以下，25℃左右较适宜，保持空气相对湿度75℃左右，以促使菌丝萌发。
若超过28℃，可在夜间通风降低温度。3天后种块菌丝已定植生长，此时可加大通风，以降低料温，并促使菌丝向料内生长。
3、中后期通风发菌
播种3天后，当菌种块菌丝已经萌发时，可逐渐增加菇房通风量。25℃以上时早晚通风，中午关闭门窗。
5～7天后菌丝已进入培养料，在保持菇房内湿度的同时，逐渐加大菇房的通风量，保持空气新鲜，并适度吹干料面，以防杂菌发生。
7～10天菌丝深入培养料一半左右时，可揭去薄膜等覆盖物，加强通风，促进菌丝进一步向料内生长，直至菌丝长到料底部。
在此期间，料内最好控制在22～26℃，最高不能超过28℃。如床面过干，可喷水于覆盖的报纸上，让料面逐步吸湿转潮。
从播种到菌丝长满培养料大约需要20天。
