一、金针菇丛枯病
(1)发病原因：金针菇丛枯病的病原是多型枝葡萄孢霉，丛枯病是金针菇子实体主要病害之一。
(2)发病症状：金针菇子实体被感染后，幼小的金针菇被灰白色的病菌菌丝包裹起来，随着子实体的生长逐渐变成褐色，最后停止生长并枯死。菇棚内高温高湿的环境容易发生。
(3)防治方法：出菇前在菇棚浇灌一次大水，用塑料薄膜覆盖出菇，一般不用喷水，但要防止高温。发现病菇及时摘除，在病区喷洒0.1%的代森锰锌水溶液。
二、金针菇白粉虱
(1)发病症状：子实体生长发育阶段，菌柄基部变黑褐色至黑色腐烂，基部腐烂后，子实体倒伏。幼菇丛发病虽不倒伏，但不能继续向上生长发育，严重发生时针状的幼菇成丛变黑腐烂。
(2)发病原因：各地均有发生，以室内床栽较多。多发生于棉籽壳生料栽培的菇床上，生长阶段培养料含水量过高，床面长时间有积水，加之长时间覆盖薄膜通风不良、湿度过大，易发病。
(3)防治方法：子实体生长阶段控制适宜的含水量，经常清除床面积水，特别是在子实休生长阶段清除积水特别重要。
三、金针菇绿霉病
金针菇绿绿霉菌适应性强，喜欢高温、高湿的生态环境，菌丝生长迅速。
降低菇房温度和湿度，加大通风量，并用草木灰覆压真菌处，可防止真菌孢子飞扬传播。
先用3%的来苏儿溶液或3%的甲醛溶液室内喷熏，再用1%的高锰酸钾溶液清洗真菌处。在真菌处撒上高锰酸钾颗粒后，喷水于真菌外围。取生石灰9份、多菌灵1份与适量水混合洗刷真菌处。用5%的石灰水浸泡真菌，待真菌消失后排除石灰水，补上新料。用1:200克霉灵溶液注射料袋内的绿霉或洗刷床面绿霉。用1：800苯菌灵溶液喷洒料袋真菌处。在真菌处涂刷95%的酒精或煤油，点火烧掉，然后挖除，填补新料。
用3%的来苏儿溶液喷洒真菌处，洗擦工具后将真菌挖掉，每挖1次将工具洗擦1次，挖除后填补培养料和菌种。此法可彻底根治晚期真菌。生料栽培时，每100千克培养料中添加克霉灵100克，可彻底根除真菌。
四、金针菇螨害
螨害是金针菇栽培过程中的主要虫害，螨无处不在，特别容易在原辅材料中滋生。螨种类很多，形体极其微小，很难用肉眼观察到，必须在放大镜下才能观察到。
螨的生活史中只有卵和成螨两个阶段，成螨危害金针菇菌丝，一旦发生螨害，菌种无法使用，栽培袋受螨侵袭，产量锐减，严重者不出菇。危害初期，蚕食金针菇爬壁菌丝，使菌丝断裂，并有白色细条状的囊袋出现；危害中期，最明显的特征是金针菇栽培袋表面的菌丝出现褐色湿斑；危害晚期，致使金针菇栽培袋表层菌丝萎缩、消失。
螨害要以防为主，综合防治。做好整个栽培场所及其周边环境的卫生工作，杜绝螨类栖息繁殖场所；定期用1.8%阿维菌素乳油1000～2000倍液喷洒。
