水分调节在整个秋菇管理中最重要，水分管理的好坏，直接影响双孢菇的产量和质量，必须认真对待。
出菇后，子实体生长阶段所吸收的水分，来源于覆土层和空气中的水分。
一、秋菇前期的管理
当覆土层内出现米粒大、白色的小菇蕾时，就要适时喷结菇水。结菇水要偏大、偏重，连续喷2～3天，每次喷到土层发亮，目的是促使菌丝大量扭结出菇，每平方米总用水量3.6千克左右。
当菇蕾长到黄豆大时，再及时喷出菇水，每天喷1～2次重水，每次1米！喷水0.8千克左右，连续喷2天，每平方米总用水量3.2千克左右。喷重水后，停水二三天，然后恢复正常喷水，即每天喷1～2次，轻喷勤喷，少量多次，直到采菇。
第一潮菇采收后，停水一天，以后继续喷水，直到下潮菇长到黄豆大时，再喷重水。如此反复循环，直到第三潮菇采收结束。
二、秋菇后期的管理
秋菇后期，气温逐渐下降，出菇量逐渐减少，菇密度低，潮次也不明显，因而喷水量应该减少，要采取轻喷勤喷的方法。一般控制每平方米每次喷水0.5千克左右，使细土湿度较前期略小点，既要保持细土潮湿，又要保持细土松软。
喷水要均匀、全面，不能有干湿不匀。喷水雾点要细，呈雾状。喷雾器喷头朝上或侧喷，以减少对幼菇的冲击。移动时速度要均匀而有规律，高低一致。不能乱扫或忽高忽低，严禁停留在一个地方不动。
喷水量和喷水次数要根据菇的多少、大小、天气等情况而适当增减，菇多时多喷、菇少时少喷；晴天多喷，阴雨天少喷；前期菇生长集中时多喷、勤喷，后期菇发生少时少喷。气温高于20℃，早晚或夜间通风喷水，气温低于15℃，中午通风和喷水。
喷水后还要适当通风，不喷“关门水”，使菇盖表面不积水。采菇前不喷水，以防止采菇手捏处发红，影响品质。
