香菇发菌期的管理关系到菌丝生长是否强壮，积累养料是否充足，最终会影响到出菇产量。随着接种后培养时间的延长，除了温度管理外，还应做到以下几点：
(1)接种后1～6天，是菌丝萌发和定植期。由于菌丝生长微弱，菌袋温度会比室温低1～2℃。为给菌丝提供适宜温度，每天要测定室温、堆温和袋温，以袋温为主调节室温和堆温。此时不宜移动菌袋，以防杂菌感染。3天内不通风或少量通风。
(2)接种后7～10天，菌丝向料内蔓延，袋温逐渐升高。过7天开始翻堆，以后每7～10天翻堆一次。翻堆时逐袋检查菌丝生长和杂菌感染情况。发现漏接种的菌袋或没有发菌的接种穴，应集中到其他地方，挖除霉点，并用5%～10%的石灰水涂抹患处。培养室每天通风1～2次，每次30分钟。
(3)接种后11～20天，菌丝进入旺盛生长期，各种代谢活动加快，袋温高出室温2～4℃，要特别注意降温和通风，每天通风1～2小时。
(4)接种后20天，因菌丝大量生长，袋内氧气不能满足菌丝生长要求，缺氧成为菌丝生长的限制因素，应及时揭去接种穴上的胶布，或用刺孔的方法增加氧气。
第一次刺孔在菌丝圈直径8～10厘米时进行。用消过毒的牙签在菌丝圈前沿刺6～10个孔，孔深不能触及料层。当接种穴之间的菌丝相连时，用消过毒的毛衣针进行第二次刺孔增氧。当菌丝发满袋时，用消过毒的筷子在菌袋周身刺孔，刺孔的数目、深度视温度及菌丝生长情况而定。
温度高时多刺孔、深刺孔，反之少刺孔、浅刺孔。揭胶布或刺孔后，菌丝加速生长，菌袋温度会突然升高。此时要加大通风量，并疏散菌袋，防止烧堆。
