香菇菌棒腐烂，根本原因是竞争性杂菌入侵感染，故一切诱发杂菌入侵感染的因素都会导致菌棒腐烂。那么，应该如何防止香菇菌棒腐烂呢？
1、选用优良品种
选用优良品种，对退化品种进行提纯复壮。
2、合理布局品种
依照当地的气候特点，选择适宜的品种。搞好栽培场地和环境的卫生，上年度废菌棒要及时清理；老菇场要喷洒杀菌杀虫剂，减少杂菌污染源，降低虫口密度。
3、严格控制消毒药品的用量
目前市面上消毒药品含有的有效成分都是相同的，用量以每立方米3～4克为佳，切勿超过6克。接种口用蜡或胶带封口，杜绝虫、菌从接种口入侵菌棒。刺孔通气要规范操作，铁钉直径要小于2毫米，孔深1～1.5厘米，选晴天刺孔，不在瘤状物处刺孔。
4、合理治虫防病
选用高效、无副作用、无毒、药效长的菇类专用杀虫剂“菇虫净”，在第一次刺孔后喷洒一次，隔两个月后再喷一次，就能有效地防治虫害，切不可使用敌敌畏等。
5、及时将烂棒拣出
发现菌棒腐烂，要及时将烂棒拣出另行堆放，以免交互感染。用干净刀片切除腐烂部分，用克霉灵等杀菌剂擦洗病斑切口处和薄膜，然后将薄膜覆回，用胶带封死，防止失水和虫、菌再次入侵。这一操作最好在无菌条件下完成。在发菌初期开始烂棒的，应果断进行再次菌棒，消毒接种（重做）。
