香菇生产提倡无农药栽培，因此防治香菇病虫害提倡“以防为主，以治为辅”，把握“物理治理为主，化学治理为辅”的原则。
(1)严格把好菌种关
在确定生产用的优良品种以后，菌种是否被杂菌污染则是优质菌种最基本的条件。优质菌种可采用目测和培养的方法来确定。凡菌丝粗壮，打开瓶塞具特有香味，可视为优质菌种。有条件的，还应抽样培养，同时还可检查菌丝生活力。
(2)严格把好菌袋加工关
塑料袋应选择厚薄均匀、无沙眼、弹性强、耐高温和高压的聚丙烯塑料袋。培养料切忌太湿，料水比掌握在1：1.1～1.2；装料松紧适中，上下表内一致；两端袋口应扎紧，并用火焰熨封；在高温季节制菌袋时，可用1：800倍多菌灵溶液拌料，防治杂菌。
(3)严格把好灭菌关
常压灭菌应使灶内温度稳定在100℃，并持续8小时；锅内菌袋排放时，中间要留有空隙，使蒸汽畅流，菌袋受热均匀；要避免因补水或烧火等造成中途降温；从拌料到灭菌必须在8小时内完成，从灭菌开始到灶温上升到100℃不可超过5小时，以免料发酵变质。
(4)搞好环境卫生
使空气中杂菌孢子的密度降到最低，是减少杂菌污染最积极有效的方法。装瓶消毒冷却，接种、培养室等场所做好日常清洁卫生。暴雨后要进行集中打扫。坚持每天在空中、地面用0.2%肥皂水或3%～4%石炭酸溶液，5%甲醛1:500倍液，50%的多菌灵溶液及526～20%石灰清水等交叉喷雾或喷洒。将废弃物和污染物及时烧毁或浸入药水缸，以防污染环境和空气。
(5)严格无菌操作
接种室应严格消毒；做好接种前菌种预处理；接种过程中菌种瓶用酒精灯火焰封口；接种工具要坚持火焰消毒；菌种尽量保持整块；接种时要避免人员走动和交谈；及时清理接种室的废物，保持室内清洁。
(6)科学安排接种季节
必须根据香菇菌丝生长和子实体发生对温度的要求，科学安排接种季节。过早接种或遇夏秋高温气候，会明显增加污染率，不利于菌丝生长；过迟接种，污染率虽然较低，但秋菇生长期缩短，影响产量。接种以日平均气温稳定在25℃左右时为最好。夏季气温偏高时，接种时间应安排在午夜至次日清晨。
(7)改善环境因子
杂菌发生快慢和轻重，在很大程度上取决于各种环境因子，特别是香菇栽培块或菌筒上的霉菌发生时应通风换气。温度、湿度等环境因子有利于香菇生长发育时，香菇菌丝生活力旺盛、抗性强，杂菌就不易发生；反之，杂菌便会乘虚而入，迅速发生。因此，要尽可能创造适宜于香菇菌生长发育的环境条件。