一、金针菇菌丝生长阶段易发生的杂菌
①绿霉：绿霉是最易发生的丝状菌，又名绿色木霉。发育适温30～35℃，但在20℃左右也长得很好。绿霉开始蔓延时和金针菌丝相似，随着逐渐成熟长出青绿色孢子。
②曲霉：曲霉开始繁殖时是白色菌丝，成熟后着生黄绿色孢子，发育适温是30℃左右。栽培室在堆肥附近，或曾放过菌种，或附近有制曲厂都易生长曲霉。一旦发生曲霉，会使菌种污染而全部覆灭。
③大毛霉：和曲霉相似，繁殖力强。在培养基内部蔓延，生成白色或灰黑色蜘蛛丝样的菌丝，产生黑色孢子，发育适温35℃左右。
④毛霉：和大毛霉一样，繁殖力旺盛，在高温下发育。
二、生于金针菇菇体上的杂菌
①青霉：侵入金针菇的青霉，是搔菌后侵入的。如发生青霉应立即挖出并烧掉，进行室内消毒。
②根腐病：温度高时易发生。繁殖初期在培养料表面渗出白色混浊水滴，有时会积满瓶口。主要原因是培养料水分过多。发生根腐病后，应立刻挖出烧掉。手接触根腐病菌时，必须消毒。
③黑斑病：在菇盖上产生黑褐色斑点。多数不影响产量，但因菌盖变黑而使价格下降。用冷水直接喷在菌盖上，易生这种病。
④细菌性褐斑病：是金针菇的主要病害之一，对生产影响较大。子实体染病后，轻者产生斑点，不宜罐装；重者整丛变黑腐烂，失去食用价值。
三、金针菇杂菌的防治措施
①菇房要认真消毒
用福尔马林熏蒸，即每立方米空间用10毫升福尔马林与5克高锰酸钾混合熏蒸，密闭4小时，能达到消毒目的；或用硫酸铜溶液喷洒，将硫酸铜配成5%的溶液。对菇房内外、栽培床架等要全面喷洒。
②菇架的消毒
如果菇架是用松木做的，易发生绿色木毒，要用硫酸铜溶液消毒。为了预防曲毒、青毒等杂菌，要用高效漂白粉进行彻底消毒，稀释浓度为100倍，静止1～3小时，取其上清液全面喷洒即可。
③消除污染物
对被杂菌污染的瓶、袋要及时拿出室外或远离栽培处，否则，杂菌孢子会扩散到整个菇房或场地。
④化学防治
一旦菌害发生，可采取在水中加入漂白粉、土霉素等，将病原菌消除。不可在菇体上喷洒对人体有害的农药。
