金针菇是好气菌，从理论上来讲，金针菇子实体在生长期间需要较多的氧气，因此，必须保持适度通风。
经实践表明，适度的二氧化碳浓度不但不会影响其子实体生长发育，还会有助于提高菇品的商品质量。例如，在地下4米的人防工事内进行栽培时，除出入管理时的开门等少量通风外，其余时间不予通风。
在二氧化碳浓度较高的条件下，子实体反倒整齐、鲜嫩、色泽浅（黄色菌株），但是其基部色泽加深，甚至呈褐色；二氧化碳浓度过低，又不利于菌柄伸长，而且菌盖易开伞。因此，应根据子实体发育的不同情况，分阶段进行通风调节。
在催蕾阶段和子实体生长后期，应增加通风次数，加大通风量，这样可使菇蕾形成量多、出菇整齐，且不易形成针尖菇。
在子实体生长中期减少通风量，使二氧化碳的浓度增高到1%～2%。子实体生长后期，如缺乏新鲜空气，会形成柄长、盖小的子实体。
因为金针菇主要的食用部分为菌柄，所以出菇时要有意提高二氧化碳浓度，以促使其菌柄伸长、抑制菌盖长大而获得理想的商品菇。
例如，在栽培瓶口套上纸筒，或将栽培袋拉直袋口，都是为了抑制菌盖生长，促进菌柄伸长，以达到优质、丰产的目的。
因此，应适度控制通风，进一步增加二氧化碳的积聚量，从而获得菌盖小、菌柄长、粗细一致的金针菇商品。但应注意，严重通风不良时可诱发棉腐病等病害。
