覆土是双孢蘑菇由营养生长向生殖生长转化的关键技术之一。当双孢蘑菇的菌丝长满培养料后，应及时覆土。
覆土后到出第一潮菇，是蘑菇原基形成的关键时期，也是夺取蘑菇高产的重要时期。此时管理十分重要。
1、调水
如果使用已调整水分的“细泥砻糠土”作覆土材料的，在覆土的当天喷1次轻水，相当于蔬菜定植后的“搭根水”，有利于菌丝尽早爬土。
如果用干土作覆土材料的，则要求在1-3天内用3次9回喷水法调整水分，即每天喷1次水，每次3个来回，3天内共9个来回，使覆土达到最大持水量。
第一天喷水时必须将水喷足，一直到达覆土底部。第二、第三天则根据干湿情况给予补充。这3天每天早晚各通风0.5-1小时，每次喷水后也都要通风，以后一直保持土层湿润状态。
2、培养土层菌丝
一般在覆土12天左右，就可以在表面土缝中见到菌丝，由于覆土不能做到绝对均匀，有些菌丝长得较快，或覆土较薄的地方，菌丝会较早爬到表面，这时应及早补土，将冒出的菌丝盖住，否则会影响出菇。
3、喷结菇水和出菇水
在土缝中见到菌丝时，应及时喷结菇水（不同的菌株略有不同），以促进成菌丝扭结。连续喷2-3天，以土层吸足水分又不漏到土层下的培养料面为准。
在喷结菇水的同时，增加通风量。喷结菇水4-5天后，土缝中出现绿豆至黄豆大小的菇蕾时，应及时喷出菇水（气温应低于20℃高于12℃），连续喷2-3天，喷水后3-5天可采菇（不同季节采菇天数可能会不同）。同时菇房用水必须符合卫生标准。
