香菇菌丝长满全菌筒之后，菌丝具备一定成熟度时，进入菌筒的转色管理。
香菇菌筒的转色是香菇菌丝与空气接触后发生生理反应的结果，目的是自我保护，有利于菌丝生长繁殖和正常出菇。这种转色通常是在适宜的环境条件下需12天左右，再经3～4天温差刺激后，便萌发菇蕾。
(1)控温
菌筒脱袋后的1～4天要罩严菇床薄膜，不必翻动，让菌丝康复生长。罩膜内控制在23～24℃，相对湿度85%为好。5天以后温度以18～22℃为好。当菌筒表面长出满白色气生菌时，说明已复壮。此时要揭开畦床上罩膜通风，每天一次，每次20～30分钟。若气温超过25℃，每天早晚揭膜通风，增加氧气。
(2)喷水
于7～8天后，菌筒分泌出黄水珠，此时应结合揭膜通风，连续两天给菌筒喷水。第一天用喷雾器喷水，把红水珠喷散，并罩好膜。第二天用电动压力喷雾器或喷壶向菌筒急喷，把黄水冲冼净，冲后不要急于罩膜。如果马上罩膜，菌筒吸水多，湿度过大，就会出现白色菌丝继续生长，难以倒伏。如果水量低，表面干燥，可继续喷水1～2天，迫使其尽快转色。
(3)变温
菌筒转色须结合变温管理，当菌丝成熟后，如果突然遇到恶劣环境条件的刺激，菌丝生活力突然下降，继续生存受到威胁，菌丝就不断地输送养分，增加分泌色素，使其形成一层韧性保护膜来维持和延续自己的世代，这样“人造树皮”就加快形成，因此需人为变温3～4天。具体做法是：
白天把菌床上的簿膜罩严，根据天气情况不通风或少通风，使床内温度升高2～3℃。夜间10点左右，气温下降时揭开薄膜，让冷空气进入。这样日夜温差可达到10℃以上，连续进行3～4天温差刺激，菌筒表面就出现不规则的白色裂纹，诱发形成原基，并分化成菇蕾，所以又称变温催蕾。
(4)刺激
进行干湿差的刺激，有利于转色。喷水后空气越流通，菌筒越易转色，因此既要喷水，又要注意通风，但要注意在干湿交替的同时，还要防止通风过量菌筒失水。进行光暗差的刺激。一般菌袋在室内培育时光照较暗，脱袋后在出菇棚内宜进行“三分阳、七分阴”的光照刺激，有利于转色和诱导原基的分化。在畦内罩膜的光照至少要25勒克斯，对转色有利。
