从覆土到出菇需要15～20天，这期间仍以菌丝生长为主。主要工作是调节菇房温度、菇房通风和覆土层水分，以保证菌丝一方面继续向培养料深层生长，另一方面向土层中生长，同时还要防止冒菌丝现象。
一、覆土前期的管理
覆土后重点是水分管理，称为调水。调水采取促控结合的办法，目的是使棚内的生态环境能满足菌丝生长和子实体形成。
覆土后2～3天，根据覆土层水分情况先调水，再小通风半天左右，让土表水分散失，达到内湿外干状态，以防止污染。然后关闭门窗“吊菌丝”2～3天。
一般情况下不通风，温度保持在22～25℃，空气湿度保持80%～85%，促使菌丝向土层上生长。对于采用二次覆土法的，要分步调水。
①粗土调水。粗土调水是一项综合性的管理技术，既要促使双孢菇菌丝从料面向粗土生长，又要控制菌丝不要生长过快，防止土面菌丝过旺，造成板结。应掌握先干后湿这一原则，粗土调水（2～3天）——通风壮菌（1天）——保湿发菌（2～3天）——换气促菌（1～2天）——覆细土。
②细土调水。原则上也是先干后湿，促控结合。目的是使粗土中菌丝生长粗壮，增加双孢菇营养积累，提高出菇潜力。第一次覆细土时即调水，1～2天内使细土含水量达到18%～20%。喷水时通大风，停水时通小风，然后关闭门窗2～3天。
当菌丝普遍窜到第一层细土时，再覆盖第二层干细土或半干湿细土，不喷水，不通风，使土层呈上部干、下部湿的状态，迫使菌丝在偏潮处横向生长。
二、覆土中期的管理
当扒开土层见有菌丝，说明菌丝已长入土层，逐渐加大菇房通风量。一般在白天开对流窗，使空气流通，防止菌丝在土中徒长。若有冒菌丝出现，在菌丝处补盖一层薄薄的土，以盖住菌丝即可。
根据土中水分情况，经常向土中喷雾状水，保持土层湿润，喷水时要轻喷、细喷、勤喷，切忌过多水分流入料中。
三、覆土后期的管理
后期加大通风，增加空气相对湿度，使菇房相对湿度达到90%左右，菇房内控制在14～18℃，促使子实体迅速形成。通过水分管理和通风换气控制子实体原基扭结在土层下1厘米，避免出菇部位太高或太低而影响双孢菇的产量和品质。
