造成农产品中农药残留超标的原因有很多，其中最主要的原因是农药使用不合理。
《农药管理条例》规定，国家实行农药登记制度。农药登记证上会载明农药名称、剂型、有效成分及其含量、毒性、使用范围、使用方法和剂量、登记证持有人、登记证号以及有效期等事项。
农药包装按照国家有关规定，均需印制或者贴有标签，以中文标注农药的名称、剂型、有效成分及其含量、毒性及其标识、使用范围、使用方法和剂量、使用技术要求和注意事项、生产日期、可追溯电子信息码等内容。
另外，剧毒、高毒农药以及使用技术要求严格的其他农药等限制使用农药的标签还要求标注“限制使用”字样，并注明使用的特别限制和特殊要求。用于食用农产品的农药的标签还要求标注安全间隔期。农药生产企业不允许擅自改变经核准的农药的标签内容。
《农药管理条例》还规定，农药使用者应当遵守国家有关农药安全、合理使用制度。农药使用者应当严格按照农药的标签标注的使用范围、使用方法和剂量、使用技术要求和注意事项使用农药，不得扩大使用范围、加大用药剂量或者改变使用方法。
农药使用者不得使用禁用的农药。标签标注安全间隔期的农药，在农产品收获前应当按照安全间隔期的要求停止使用。剧毒、高毒农药不得用于防治害虫，不得用于蔬菜、瓜果、茶叶、菌类、中草药材的生产，不得用于水生植物的病虫害防治。
也就是说，农药经登记后可在哪些指定作物上使用，以及每一种农药如何使用都是有规定的，包括允许使用的作物、农药品种和剂型、使用时间、使用方法、使用次数、使用量、使用间隔期、安全间隔期等。只要按以上规定或标准使用农药，农产品中的农药残留一般是不会超标的。
但在农业生产实际中，有个别农户会在蔬菜等作物上使用国家明令禁止使用的高毒农药，或超量、超范围使用允许使用的农药，或使用农药后不到安全间隔期就采收，从而导致了农产品中农药残留超标现象的发生。
