一、采种田占地时间较长，土壤养分的消耗较大，而且植株必须具备良好的营养生长基础，才能为种子发育提供充足的营养，种子的发育又会因消耗大量营养而促使植株早衰，因而施用充足的优质基肥尤为重要。
二、采种田应采取开沟条播。秋播老根采种，行距为26厘米左右；近冬播寄籽采种，行距为20厘米左右；春播当年采种，行距为15厘米左右。播种量较生产鲜菠菜适当减少，并要及时间苗，株距保持在10厘米左右，以防种株过密，生长细弱，容易倒伏。
三、种株抽薹以前适当控制浇水，以免茎、叶生长过旺而延迟抽薹，或使花薹细弱而倒伏，降低种子产量和质量。当部分植株开始抽薹时，结合灌水每亩施用尿素10千克左右，使种株多发生侧枝，多开花、结籽。即将进入盛花期前，每亩施用氮、磷、钾复合肥15～20千克，并增加灌水，促进籽粒饱满。种子成熟期减少灌水。
四、采种田中的种株进入抽薹期后，在开花以前将种子田周围2000米范围内的其他品种的菠菜全部收割，以免发生天然杂交。
五、为了保持和不断提高优良菠菜品种的种性，必须注意种株的选优、去劣、去杂工作。绝对雄株抽薹开花最早，对比它晚开花的雌株的授粉作用不大，而且授粉后会引起种性退化，所以要及早拔除。
营养雄株的花期与雌株相近，应当保留，但是为了使雌株得到充足的营养面积，还可以将花期比雌株早的营养雄株拔掉，仅保留一部分与雌株同时开花的营养雄株供授粉用。等雌株上的花全部结成果实后，再将营养雄株全部拔除，以改善田间通风透光条件，促使果实充分发育和成熟。
六、掌握种株的适宜收割时期和采收种子的方法，对提高菠菜种子质量和产量也很重要。菠菜果实外面的果皮随成熟度的增加而变厚、变硬。过度老熟的种子，发芽率降低，而且容易脱落和遭受麻雀危害，应在种株茎、叶有1/3～1/2变黄、果皮呈黄绿色时，齐地面割下。
