蒜薹贮存方式有冷藏及气调贮藏保鲜。可根据当地气候、资源及财力状况，选用适宜的贮藏方式。
一、一般冷藏
冷藏是指利用人工降低贮藏环境的温度或利用自然低温条件，抑制蒜薹的呼吸作用，减少水分损失，防止病虫繁殖蔓延，以延长贮藏保鲜期。应用较多的是冷藏库冷藏。
冷藏库冷藏是指在冷藏库中利用机械制冷系统控制所需温度在适宜的范围内，对保持鲜嫩度、阻止病腐等都有很好的效果。特别是在炎热的夏季及我国的南方地区，可提供理想的贮藏保鲜蒜薹环境。
冷藏库中的温度应保持在0.3℃±0.3℃，空气相对湿度保持在90%以上。为了使冷藏库的温度、湿度达到理想的贮藏保鲜条件，冷藏管理非常重要。
二、气调冷藏
收获后的蒜薹仍然是有生命的活体，继续进行呼吸，体内积累的养分通过呼吸作用被消耗掉。所以，采收后如果呼吸作用强，养分消耗快而多，就会使蒜薹的品质迅速变坏，乃至腐烂。呼吸作用的强弱除了与温度的高低有关外，还与贮藏环境中气体成分特别是氧气和二氧化碳浓度的影响有关。
氧气是植物进行正常呼吸作用所必需的气体，空气中氧气含量高，会促进呼吸作用，二氧化碳却相反，故适当提高空气中二氧化碳含量，降低氧气含量，对呼吸作用有抑制作用。气调冷藏法就是利用这个原理，在适宜的低温条件下，减少贮藏环境空气中的氧气含量和提高二氧化碳含量，以达到延长蒜薹贮藏保鲜的目的。
1、气调冷藏的方法
塑料薄膜袋自然降氧冷藏、塑料薄膜硅窗袋气调冷藏和塑料薄膜帐气调冷藏三种方法，蒜薹的贮藏温度为0～0.5℃，相对湿度为85%～95%，氧气浓度为2%～5%，二氧化碳浓度为0～8%。在贮藏过程中只要氧气和二氧化碳两项指标中有一项达极限标准时，就要立即开袋换气，每次换气时间为2～3小时。
袋内或帐内的氧气和二氧化碳浓度应每天或隔天进行测定（只测定代表袋），当二氧化碳浓度要超过上限时，可用消石灰吸收。消石灰可用生石灰加水制作，要待粉化的消石灰散热冷却后方可使用，消石灰应该在密封条件下贮存，否则会因吸收空气中的二氧化碳而失效。
