蒜薹贮藏中常见病害主要有侵染性病害和生理性病害。
一、侵染性病害
常见侵染性病害（如灰霉病、白斑腐烂、烂窝和病毒病等）是造成蒜薹贮藏期间腐烂的重要因素。发病原因多为田间侵染病菌带入贮库，有些原因是生理因素和生物因素二者综合造成的。
蒜薹贮藏中被病菌侵染主要表现为：
1、灰霉病，在蒜薹上开始形成椭圆形至不规则形状的病斑，密生白色至灰色霉状物，潮湿条件下产生大量孢子，后期病斑扩大，有强烈霉味，并殃及其他健康蒜薹。
2、白斑腐烂，采收时在薹梗和薹苞表皮上产生白色圆形小斑点，贮藏期间，病斑扩展，呈黄褐色椭圆形、梭形凹陷斑，薹梗一侧或绕茎腐烂，变色、缢细呈尾状。
3、烂窝，初期症状是蒜薹表皮出现圆形斑点，发展成凹陷斑，病斑周围感染霉菌，后期蒜薹的中部或上部出现白色绒球状菌丝团，最后，整个袋内的蒜薹腐烂殆尽，多在贮藏中后期发生。
4、病毒病，蒜薹上形成黄色斑点或呈长形黄色条纹，以蒜薹中下部较多，靠近薹苞较少，贮藏中后期黄斑处凹陷、坏死、腐烂。
侵染性病害的防治措施有：减少田间潜伏侵染，合理灌溉、施肥，适时喷洒杀菌剂；冷库使用前彻底消毒；通过轮作、加强田间管理、防止蚜虫危害、适时采收等措施降低发病率，对蒜薹进行挑选，除去病薹；蒜薹收回后尽量在低温下加工，预冷期间温度必须降为0℃以下，适当延长预冷时间；勤检查，发现病薹及时处理。
二、生理性病害
1、低温冻害、高温或变温伤害。若贮藏温度长时间处于-1℃以下，蒜薹组织经较长时间的冻结，原生质发生不可逆损伤，细胞结构遭到伤害，蒜薹颜色变暗、变深，硬度增加，严重时表皮组织起泡，薹梗、薹苞组织结冰；伤害较轻的蒜薹，慢慢升温后能恢复正常，但不适于继续贮藏；伤害较重的蒜薹解冻后呈灰绿色，发生水烂。
为防止冻害的发生，应以冰点为标准点调整库温，加强库内空气环流，保证库温稳定和均衡；制冷设备要与库房匹配，安装的位置要合理。
若库温偏高或温度变动较大时，使蒜薹呼吸加强、蒸腾作用加强，造成黄化的糠心条，薹梗表面失去光泽，有不同程度的褪绿或黄化表现，薹梗纤维化，空心发糠。贮藏后期由于蒜薹失水过多，袋内结露，以至蒜薹霉烂。所以采后处理期间，应避免风吹日晒，缩短处理时间，库房温度处于低而恒定的状态。
2、低氧或高二氧化碳伤害。当贮藏环境中二氧化碳含量过高、氧气含量过低时会出现病害。蒜薹出现黄色斑点，并下陷、软条、烂条，开袋有酒味，伴有恶臭，严重时薹梗、薹苞坏死腐烂。所以应该定期测定袋内的气体成分，如有异常应尽早采取措施。硅窗气调时，装袋数量应与硅窗面积相符，保证氧气与二氧化碳的适宜比例。
