双孢菇在播种后如果出现菌丝不萌发、不吃料，生长不良，甚至萎缩死亡等现象，可能是由于以下原因造成。
(1)菌种
使用的菌种老化、退化；质量欠佳；受高温或高湿伤害；携带病虫原菌；温型不适等。菇农一定要慎重购种。
(2)培养基
培养料配制不当，碳氮比失调，导致含氮不足或氮肥过量，使菌种难以定植生长并受伤害。合理调制培养料，严格发酵工艺，含氮化肥要在第1次翻堆时加入，播种前要排除废气，并检查酸碱度。
(3)湿度
播种前培养基过湿或过干，过湿造成菌丝供氧不足、活力下降，过干菌丝吃料困难、失水萎缩。播种后覆膜发菌的，因揭膜通风不及时，使表层菌种“淹死”。要注意掌握培养料水分，第3次翻堆时，可采用摊晾或加水进行调节。
(4)温度
发菌温度过高或过低。后发酵不彻底导致播种后堆温升高，播种前料温没降至30℃以下，发菌期棚温过高等，均会造成高温“烧菌”。棚（料）温低于8℃以下，菌种也很难生长。
(5)酸碱度
培养料的酸碱度不适合。双孢菇只有在适宜的酸碱度环境下才能良好地生长发育，培养料过酸或过碱，都会导致菌丝生长不良，而且容易被杂菌污染。适宜的ph值应当控制在7.8左右。
(6)虫害
双孢菇易受受螨、线虫等的危害。当每平方米虫口密度达50万只时，会使菌丝断裂、萎缩、死亡。要严格发酵工艺，尤其是后发酵；对覆土要进行消毒。
