加强枸杞苗期管理是培育壮苗的重要环节，因而要格外重视枸杞苗木的肥水和防虫等各项管理工作。
（一）及时破膜
凡采用地膜的插条发芽出土后，要及时破膜炼苗，视其土壤状况压膜或除膜，不能妨碍苗木正常生长。
（二）灌溉和排水
枸杞灌溉要适时适量，出苗期间地表湿润要少灌水，若土壤太干不出苗，可灌水促芽出土。硬枝扦插一般在插条生根后灌第一次水。嫩枝扦插在生根前每天喷2～4次水（连雨天少喷）。苗木生根后，前期灌水应多次少量，苗木速生期应少次多量。苗木生长后期控制灌溉，应将积水及时排除。
（三）除草松土
枸杞除草应遵循除早、除小、除净的原则。松土结合除草进行，但在灌溉或雨后必须松土。松土要全面，但不能伤苗。
（四）间苗和定苗
当年生播种苗高3厘米～5厘米时，应进行第一次间苗。间去弱小和过密苗，株距保持在3厘米～5厘米。当苗高8厘米～10厘米时进行定苗，株距10厘米左右。每667平方米定苗11500～20000株。
（五）炼苗
枸杞嫩枝扦插在20天后绝大多数已生根，可进行炼苗，逐渐揭去拱棚和遮阳，增加光照，可灌水和追肥。
（六）抹苗
插条发芽至3厘米～5厘米长时，将萌发的侧芽抹去，选留1壮枝；当苗高60厘米时及时摘心以控制高度。
（七）防治虫害
枸杞幼苗的虫害，主要有枸杞蚜虫、枸杞瘿螨、枸杞锈螨、枸杞木虱、枸杞负泥虫、地老虎和蚧螬等。
对枸杞虫害要以防为主，加强综合治理，搞好苗圃环境卫生，做到圃内无杂草。虫害严重的苗要烧毁，对己发生的虫害要及时喷药控制。
