对土壤进行全面的灭菌、消毒，可杀灭土壤（或基质）中的虫卵、幼虫、病毒和杂草。
土壤消毒包括化学消毒和物理消毒两个方面。其中化学药剂(例如氰氨化钙)消毒和夏季高温闷棚物理消毒等方法，在寿光市大棚生产中得到了广泛应用。
一、大棚物理灭菌消毒
翻耕土地或搅拌基质，在夏季进行高温暴晒或冬季进行冷冻。这种方法简单经济，但是灭菌效果较差，也可以将土壤或基质用塑料薄膜盖严，然后通入蒸汽，使内部温度升至80℃以上，保持1～2小时。
在实际生产中，用薄膜密闭棚室，利用高温杀死病菌和虫卵。在晴天的上午将棚室密闭，浇水后闷棚，棚内的温度最高可达到70℃以上，可有效地杀死棚内残存的病菌和虫源等。闷棚时间一般在15～30天，30天最好。
二、大棚化学灭菌消毒
该方法是将药剂撒在土壤表面或基质中拌匀，然后盖上塑料薄膜。7天后打开覆盖的塑料薄膜，通风。常用的土壤或基质灭菌药剂有必速灭、氰氨化钙等。
1、必速灭消毒
必速灭适用于苗床、新耕地、盆栽、温室栽培等，使土壤得到清洁消毒。用量一般为每亩7～10千克或每平方米15克，用于混土20厘米深处，用薄膜覆盖密封。
2、氰氨化钙消毒
在前茬蔬菜拔秧前5～7天浇一遍水，待土壤不黏时拔秧。拔秧后立即将氰氮化钙均匀地撒施在土壤表层，每亩用30～60千克(60～80千克/亩可防治根结线虫)，然后旋耕土壤，使氰氨化钙与表层10厘米的土壤混合均匀，再浇一次水，覆盖地膜﹐高温闷棚7～15天，然后揭去地膜，放风7～10天。
