香菇菌种按培养基的原料分类，主要有木屑菌种、木块菌种、颗粒菌种、木条菌种、液体菌种等，以木屑菌种为最常用。
液体菌种因培养环境要求无菌程度高、菌种保存期短、使用期限严格、目前专业性生产规模小、运输不便等原因，尚难于推广。
(1)一级种（南方常称为母种，北方称为原种）
是指用于繁殖培养食用菌的初发菌株。一级菌种的来源可以是自己选育并经试验证明有使用价值的菌株，也可以是引进经试验证实有使用价值的菌株。
不管是何种来源都要经过严格的栽培试验，掌握菌株的基本生物学特性后方可投入大面积使用。对于引进的菌种要保留原始编号，不可乱改编号。今后实行种苗登记制度后，应使用有登记手续的菌株。
一级种常用(18～20)毫米×(180～200)毫米的玻璃试管pda斜面培养基培养，这种培养方法具有观察方便、容易鉴别和易于保存的优点。
(2)二级种（南方常称为原种，北方称为母种）
是由一级种扩大培养而成的菌种。二级菌种是为了加快食用菌繁殖速度，满足大面积栽培时生产用种量的需要和菌种对培养料的适应性。二级种使用机制通常与栽培基质相同或相似，二级种繁殖培养过程也是生理驯化过程。在培养时应当认真检查菌丝纯培养程度和菌丝的长势，保持纯种培养。二级种制作，要求所有容器使用透明度好的玻璃瓶。
(3)三级种（栽培种）
这是指直接用于生产栽培的菌种，多由二级种扩大培养而成，常以菌瓶或菌袋为容器。
