微量元素肥料的施用方法很多，有土壤施肥、种子处理和根外追肥等。
土壤施肥，即作基肥、种肥或追肥时，把微量元素肥料施入土壤。这种施法虽然肥料的利用率较低，但有一定的后效，含微量元素的工业废弃物和缓效性微肥常采用这种施肥方法。
从多年生产实践看，凡可以作基肥的微肥，其效果往往优于拌种或喷施，且肥效期长，一般可供下茬作物吸收，故目前推荐微肥作基肥用，既简便易行，又增产明显。
那么，辣椒各种微肥如何施用效果好些呢?
(1)锌肥
作基肥、种肥或根外追肥，普遍施用的有硫酸锌和氯化锌，可以与酸性肥料混合施肥，但不要与磷肥混合施用，锌在土壤中不易移动。作基肥，每亩用0.5～1千克；作种肥，每亩用0.20千克；浸种用的浓度为0.02%～0.1%；播种时用5～6克拌种1千克；叶面喷施的浓度为0.01%～0.5%，每亩用0.1～0.15千克。
(2)硼肥
硼砂和硼酸最为普遍，属水溶性速效硼肥，可作基肥、种肥或根外追肥。土壤施肥一定要均匀，避免局部区域浓度过高，引起毒害，可与氮、磷、有机肥等混合施用。叶面喷施的浓度为0.1%～0.5%，每亩用0.1～0.15千克。
(3)锰肥
常用的是硫酸锰，属水溶性速效锰肥，施用到中性或碱性土壤中时，很容易转化成难溶性物质。可以作根外追肥、浸种或拌种等。最好与硫酸铵或过磷酸钙等酸性肥料以及有机肥混合施用，以减少土壤固定。叶面喷施的浓度为0.1%～0.5%，每亩用0.3千克。650倍的锰营养液可提高作物光合作用强度―降低呼吸作用，促进授粉受精，保花保果。
(4)铜肥
作基肥﹑种肥、追肥或根外追肥。常用的铜肥是硫酸铜。硫酸铜作基肥，最好与酸性肥料配合施用。拌种时，将肥料先用少量水溶解，再均匀地喷到种子上，阴干播种。叶面喷施的浓度为0.02%～0.04%。500倍的铜营养液可加深叶色，抑制真菌﹑细菌病害，保护植株，特别是对土传菌引起的死株效果独特。
