冬萝卜在贮藏过程中，容易出现糠心和腐烂的现象。一般糠心是因为温度过高，呼吸作用比较强，养分和水分消耗多，造成发芽失水引起的；腐烂是因为在贮藏之前或贮藏期间感染病害造成的。为了避免糠心和腐烂，可采取以下措施。
(1)选择耐贮藏的品种
一般青皮萝卜比白皮萝卜耐贮藏，肉质根紧密的小型品种不容易糠心。同时，还要选择个头大而整齐，无机械损伤，无病虫害，没有冻伤，还没有抽薹的萝卜。
(2)就地埋藏法
在冬季不太寒冷、冻土层很浅的地区，冬萝卜可以就地埋藏过冬。在初霜后严霜前对萝卜进行封土，把裸露在地表外的萝卜用土封住2/3。目的是保持低温，又利于萝卜继续生长。
在严霜后土壤上冻前进行第二次封土，把萝卜露出的部分全部封严，但是不能压顶。目的是使叶片继续进行光合作用，为肉质根的生长提供能量。
以上两次封土都不能伤害萝卜的叶子。土壤封冻时进行第三次封土，把萝卜的叶丛全部盖严，厚度为2～3厘米。
(3)沟藏法
在我国北方地区常用沟藏法贮藏萝卜。选择地势较高的地方，东西方向挖沟，长度可以根据需要决定，沟宽1～1.5米，深度要比当地的最大冻土层稍微深一些。
萝卜收获后立即入沟，入沟时间最好是上午10点前，萝卜的体温和沟内的温度都比较低，萝卜带入沟内的热量少。在沟内萝卜可以散堆，也可以分层码放（即一层萝卜一层土）。值得注意的是，沟中萝卜的堆积不能太厚，以40～50厘米厚最合适。
为了保持沟内湿润环境，每次覆土时应该浇些水，使土壤含水量保持在18%～20%，水分过多容易引起腐烂。
(4)窖藏法
需要等到外界气温降到-5℃、窖温在3～4℃后，才可以将萝卜入窖。等待窖凉的同时，可以将萝卜暂时在田间和窖旁边埋起来，覆盖6～15厘米深的土，防止萝卜暴露在空气中因为风吹日晒失水和遭受冻害。
窖内要立柱，把萝卜一个挨一个地堆成1米左右高的垛。操作时要轻拿轻放，决不能摔裂或碰破皮，引起水分蒸发和感染病菌。堆好后覆盖一层薄细沙，用来保持萝卜的水分。
(5)塑料袋贮藏法
家庭贮藏少量萝卜可采用塑料袋贮藏法。购置大小适宜的塑料袋，将选好的萝卜放入塑料袋中，扎紧塑料袋口，然后放在室内即可。取出萝卜后，立即将塑料袋扎好。
在贮藏过程中也要注意不能碰坏塑料袋，并及时剔除有腐烂迹象的萝卜，以免感染其余萝卜。
