通过加强对双孢菇栽培的综合管理，创造利于双孢菇生长而不利于病虫害繁殖的环境，是有机双孢菇生长的关键。
(1)搞好环境卫生
制种和操作人员必须建立起正常的清洁卫生管理制度，不断清除污染物并加以药剂消毒，菇房、用具以及室内的一切设备要经常清洗和消毒。进菇房注意鞋底以及衣着整洁，最好能及时更换。
(2)消毒方式的选择
优先采用高压蒸汽灭菌法、常压间歇灭菌法、巴氏灭菌法以及紫外线灯灭菌法等物理手段消毒，化学消毒优先使用碱类、酚类药物，避免使用重金属盐类等消毒剂。
(3)处理好原料
双孢菇培养料一定要避免受潮霉变，避免堆积木屑、麦草、牛马粪等，下面要垫塑料薄膜或毛毡防潮，上面要遮盖好防雨淋或杂物落入。鸡粪、牛马粪、米糠、麸皮、饼料等应密封贮藏。培养料要经过高温消毒或发酵腐熟，搞好二次发酵。覆土必须经蒸汽或福尔马林消毒。
(4)调整水量和酸碱度
水分要适当，酸碱度要适宜，并随时检测调整。菇房要随时保持良好通风，空气相对湿度不宜超过95%。
(5)妥善保管培养基
出锅的料瓶或灭菌过的培养基应加以保护，防止二次污染。要加盖纱布或薄膜，入箱熏蒸，还要用新洁尔灭等药水擦洗，防止尘埃污染。
(6)严格执行操作规程
接种工作技术性强，一定要耐心细致，切记碰擦粘带。对用具和容器，采用水洗、熏蒸、擦酒精、火焰烧等办法消毒处理。
(7)采用人工物理方法防治病虫害
如用黑光灯诱杀蚊蝇等，培养料充分发酵杀死线虫和瘿蚊，除去腐变的部位后用石灰水消毒。改善环境，调整温度（如降低温度，可以预防胡桃肉状菌）、湿度（如降低湿度预防链孢菌）、ph值（降低ph可以预防白霉菌等）。
(8)严禁使用有剧毒的农药
不使用有机汞制剂或有机磷制剂，以及残存时间长且不易分解的农药。优先使用植物性杀虫剂，如除虫菊酯、鱼藤精、烟草浸出液以及微生物杀虫剂（如苏云杆菌和白僵菌）等。
