在草菇栽培中，培养料表面无菇或少菇，而培养料下有菇，甚至床架对面有菇，一般是由两种情况导致的：
一是培养料的含水量不匀，表层偏干，而下层的含水量偏湿，易发生在培养料的下面或床架的反面出菇，尤以棉籽壳作培养料的更容易发生这种情况。因为棉籽壳的持水性差，水分易向下渗漏。
二是在培养料的底层混杂了土粒，土粒的吸水性好，使底层料的含水量更有利于出菇。但这种出在底层的菇，因为光照弱、色泽淡，且有的出在床架的反面，由于床垫的影响，出的大多数是畸形菇，质量较差，影响商品的价值。
要避免上述情况发生，可以采取如下措施：
(1)培养料水分要调节均匀。在播种前，先将棉籽壳暴晒，然后放在ph14的石灰水中浸透，使棉籽壳充分吸足水分，再预堆24-48小时。经预堆后，使棉籽壳变软，水分吃透，分布均匀，即可进床播种。
(2)避免培养料的底层混杂有土粒。
(3)采用料表覆土保湿，保持料表湿润易于出菇。覆土的材料最宜采用养分丰富的表层菜园土，经日光暴晒，并用1%的石灰清水调整水分后备用。当培养料与料的表面均匀撒上草菇菌种后，轻拍料面，使菌种与料紧密接触。然后覆上一层1厘米左右厚的土粒。
经覆土后，不仅能保证菇出在料表，产量高质量好，而且易于采摘，菇出在料表的土粒上，轻轻一摘就行。而不覆土的，因料表易干，摘菇时易将培养料也一起拔出。
另外，草菇菌丝比较稀疏，极易损伤，若采摘时动作过大，会触动周围的培养料，造成菌丝断裂，周围幼菇菌丝断裂而使水分、营养供应不上。
因此，采菇时动作要尽可能轻。采摘草菇时，一手按住菇的生长基部，保护好其它幼菇，另一手将成熟菇拧转摘起。如有密集簇生菇，则可一起摘下，以免由于个别菇的撞动造成多数未成熟菇死亡。
