袋栽花菇与常规袋栽季菇不同的是，当菌丝长满袋后，不经脱袋，直接搬入菇棚，不脱袋有利于加大菌袋的温差和湿差。
特别是在高海拔山区，有利于保护菌筒免受低温的影响而延长转色的时间。同时，可以使菌筒不易脱水，在头批菇采收前，可免去灌水操作的麻烦。
一、刺孔增氧
在发菌期间，应及时刺孔增氧，通常刺孔3次：
第1次在接种15天左右，菌丝圈长8～10厘米时，每穴离菌丝圈外围2厘米处，向内斜刺4～6个孔。
第2次在菌丝圈完全相连后，每穴刺8～10孔。
第3次在菌丝长满袋时，在菌丝发透的部位均匀刺20～40个孔。刺孔后菌丝呼吸作用加强，袋温高于室温2～3℃。因此，当室温达到28℃时，停止刺孔，以防烧菌；刺孔后要通风降温，减少堆叠层次，摆稀菌袋。
二、菌袋上架
在菌筒表面形成红棕色菌膜时，可将菌袋搬入菇棚的菇架上，横放在各层纵横设置的小竹竿上，袋间距保持5～8厘米，使出菇时不至互相挤压而变形。菇棚内地面应先铺覆干的粗沙或盖地膜，以减少因地面的土壤水分蒸发而提高空气相对湿度。棚顶的覆盖物适当加厚，防止阳光直射。
菌袋排放后，放下菇架四周的薄膜，以保温保湿，并定期通风。经昼夜温差、低温等刺激后，会逐渐出现菇蕾。
三、适时开孔
当菇长至1～1.5厘米时，剪去菇蕾周围3/4的薄膜，让菇蕾从孔口向外长出。菇蕾发生过密时，要留优去劣，每个菌袋留4～6朵分布均匀、生长健壮的菇蕾即可，以提高质量。
四、调控生态条件
菇蕾生长初期，白天盖膜，夜间揭膜，以加大温差刺激，促使健壮生长。当幼菇长至2.5～3厘米时，疏稀棚顶覆盖物，增加散射光，温度保持在8～16℃，空气相对湿度保持65%左右。水分管理，掌握宁干勿湿的原则。
除了温度过低或雨天需要及时盖膜外，菇架四周悬挂的薄膜，不论昼夜要全揭开，通过低温漫射光和干燥的微风等刺激，促进花菇形成。
