有机肥是指畜禽粪便、厩肥或农作物秸秆等有机物质，经腐熟、无害化处理后，复合而成的一类兼具微生物肥和肥料效应混合物。
农业生产中使用有机肥，不但可以提高农作物的产量，还能提高农产品的品质。但使用不当，也会给农作物带来不利影响。
1、提供作物生长需要的部分营养
有机肥料中含有植物生长所需要的无机营养成分，如氮、磷、钾、钙、镁、硫和锌、硼等微量元素，在有机物分解过程中，能缓慢释放，平衡土壤养分，供作物吸收；有机肥中也含有以含氮为主的有机物质，如蛋白质、氨基酸、酶、生物碱和某些维生素、生长素、尿酸等均是较好的氮源，以含磷为主的核蛋白、植素、磷脂等有机物，部分营养成分可直接被作物吸收利用。
同时，有机肥中还含有水溶性碳水化合物、淀粉、木质素等，降解后生成二氧化碳和水，为作物生长提供碳源。
2、改良和培肥土壤
有机肥料的主要成分是有机质，施用有机肥料可增加和更新土壤有机质。有机肥料施入土壤后，在微生物的作用下，分解、缩合形成新的腐殖质，它与土壤颗粒具有较强的复合能力，胶结起来变成稳定的团粒结构，从而提高了土壤保水、保肥和透气性能，改良了土壤物理、化学和生物学性状。
有机肥料为土壤微生物提供了能量和营养物质，促进土壤微生物的繁殖、增强微生物的活性，特别是许多有益的微生物，如固氮菌、氨化菌、纤维素分解菌、硝化菌等。
3、刺激作物生长
部分有机肥料，如前所述的腐殖酸类肥料，能促进作物新陈代谢，刺激生长。用一定浓度的该类肥料浸泡枝条，可促进插条生根；叶面喷洒，能增加果实含糖量。
研究还表明，合理施用有机肥料可以消除畜禽集中养殖产生的排泄物对土壤、水体、空气的污染，消除或减轻农药、重金属对土壤和作物的毒害。
