果汁中的单宁与蛋白质易形成大分子聚合物而凝聚，果胶对细小悬浮物如残存的果肉细粒有保护作用，果汁中的亲水胶体（果胶质、树胶质和蛋白质）经电荷中和、脱水或加热也会引起胶体凝聚，这些都是果汁混浊的主要原因。
在澄清果汁生产中，它们影响到产品的稳定性，必须除去。
(1)酶法澄清
该法是在果汁中加入酶制剂来水解果胶物质，使果汁中的其他胶体失去果胶的保护作用而共聚沉淀，达到澄清的目的。生产中常利用果胶酶（≥4000国际单位／克）水解果汁中的果胶物质，生成水溶性的半乳糖醛酸，一般适宜的ph为4.5～5.0，温度40～50℃，作用时间为1～2小时。
(2)明胶单宁澄清法
此法适用于含单宁较多的果汁，如苹果汁、梨汁、葡萄汁等。作用机理是明胶、鱼胶、干酪素、蛋清等蛋白质可与单宁形成络合物，悬浮颗粒随络合物沉降，使果汁澄清。
使用前明胶应先用冷水浸泡2～3小时，然后加热到50～60℃，配制浓度3%左右，常用明胶100～300毫克／升果汁，单宁90～120毫克／升果汁。
此法在较酸性和温度较低的条件下易澄清，但含花色苷的果汁会发生部分褪色。
(3)酶、明胶联合澄清法
此法多用于仁果类果汁．其方法是将鲜榨汁离心或直接用酶制剂处理30～60分钟，加明胶液，静置1～2小时，再用硅藻土过滤。
(4)自然澄清法
长时间静置，果胶逐渐发生缓慢水解，使悬浮物沉淀出来。另外，果汁中的蛋白质和单宁在静置时反应生成沉淀物也会使果汁澄清。
(5)加热凝聚澄清法
果汁中的胶体物质因加热而凝聚沉淀出来，方法是在80～90秒内将果汁加热到80～82℃，然后在同样短的时间内迅速冷却至室温，使果汁中的蛋白质和胶体物质变性而沉淀析出。
(6)冷冻澄清法
冷冻使胶体浓缩和脱水，这样就改变了胶体的性质，故而在解冻后聚沉。此法特别适用于雾状混浊的果汁，苹果汁用该法澄清效果特别好。
澄清后必须过滤，将果汁中的混浊物除去，常用的过滤方式有硅藻土过滤、板框过滤、真空过滤、离心分离和超滤等。
