无公害农产品认证是我国农产品认证的主要形式之一，目前虽然是自愿性认证，但与其他的自愿性产品认证相比有本质的区别。
(1)政府推行的公益性认证
无公害农产品是政府推出的一种安全公共品牌，目的是保障基本安全，满足大众消费。因此，无公害农产品认证实质上是为保障食用农产品生产和消费安全而实施的政府质量安全担保制度，属于公益性事业，实行政府推动的发展机制，认证不收费。
(2)产地认定与产品认证相结合
无公害农产品认证采取产地认定与产品认证相结合的模式。产地认定主要解决生产环节的质量安全控制问题；产品认证主要解决产品安全和市场准入问题。
无公害农产品认证的过程是一个自上而下的农产品质量安全监督管理行为。产地认定是对农业生产过程的检查监督行为。
产品认证是对管理成效的确认，包括监督产地环境、投入品使用、生产过程的检查及产品的准入检测等方面。
(3)推行全程质量控制
无公害农产品认证运用全过程质量安全管理的指导思想，强调以生产过程控制为重点，以产品管理为主线，以市场准入为切入点，以保证最终产品消费安全。
并推行“标准化生产、投入品监管、关键点控制、安全性保障”的技术制度，从产地环境、生产过程和产品质量三个重点环节控制为害因素。
“QS”是英文“Qualitysafety”（质量安全）的缩写，由“QS”和“质量安全”中文字样组成食品市场准入标志。标志主色调为蓝色，字母“Q”与“质量安全”4个中文字样为蓝色，字母“Q”为白色，使用时可根据需要按比例放大或缩小，但不得变形、变色。
自2004年1月1日起，我国首先在大米、食用植物油、小麦粉、酱油和醋五类食品行业中实行食品质量安全市场准入制度。该制度包括：
第一、生产企业必须经过基本生产条件的审查，要有生产该产品的合格条件。
第二、产品必须符合国家标准和法律法规规定的要求，是经过检验的合格产品。
第三、合格产品到市场出售时，必须有QS标志。
