果醋酿造以含糖的果品为原料，经过两个阶段，先为酒精发酵阶段，即果酒发酵，后为醋酸发酵阶段，利用醋酸菌将酒精氧化为醋酸（乙酸），即醋化作用。如以果酒为原料，则只进行醋酸发酵。
醋酸菌大量存在于空气中，种类也很多，对酒精的氧化速度有快有慢，醋化能力有强有弱，性能各异。按照醋酸菌的生理生化特性，可将醋酸杆菌分为醋酸杆菌属和葡萄糖氧化杆菌属两大类。
醋酸杆菌的主要作用是将酒精氧化为醋酸，在缺少酒精的醋醅中，会继续把醋酸氧化成二氧化碳和水，也能微弱氧化葡萄糖为葡萄糖酸；葡萄糖氧化杆菌能在低温下生长，增殖的最适温度在30℃以下，主要作用是将葡萄糖氧化为葡萄糖酸，也能微弱氧化酒精成醋酸，但不能继续把醋酸氧化为二氧化碳和水。
酿醋用的醋酸菌菌株，大多属于醋酸杆菌属。目前醋酸工业应用的多为许氏醋酸杆菌及其变种弯醋杆菌，它们是一种不能运动的杆菌，产醋力强，对醋酸没有进一步的氧化能力。
醋酸菌是一种好氧型细菌，在有氧条件下，醋酸菌将果汁中的糖分解成醋酸。在果酒中缺少糖源的情况下，酒精便是醋酸菌的碳源和能源，它将乙醇变成乙醛，再变成醋酸。
醋酸菌的繁殖和醋化与下列环境条件有关：
(1)果酒中的酒精度超过14%时，醋酸菌不能忍受，繁殖迟缓，被膜变成不透明，灰白易碎，生成物乙醛居多，醋酸产量甚少。酒精度若是12%～14%，则醋化能力很好，直至酒精全部变为醋酸。
(2)果酒中的溶解氧愈多，醋化作用愈快、愈完全；反之，若缺乏空气，则醋酸菌被迫停止繁殖，醋化作用也受到阻碍。
(3)果酒中的二氧化硫对醋酸菌的繁殖有碍，若果酒中的二氧化硫含量过多，则不宜制醋，解除二氧化硫后才能进行醋酸发酵。
(4)温度在10℃以下时醋化作用进行困难，20～32℃为醋酸菌繁殖的最适温度，30～35℃醋化作用最快，40℃时停止活动。
(5)果酒的酸度过大对醋酸菌的发育亦有妨碍。醋化时，醋酸量陆续增加，醋酸菌的活动也逐渐减弱。一般能忍受8%～10%的醋酸浓度。
(6)太阳光线对醋酸菌的发育有害，而各种光带的危害作用，以白色为最强，其次是紫色、青色、蓝色、绿色、黄色及棕黄色，红色危害最弱，与黑暗处醋化时所得的产率相同。
醋酸发酵分为三个阶段，前期为菌种适应期，生长慢，对氧气的需要量少，故通风量要小；中期醋酸菌活力上升，菌量大增，由于呼吸作用加强，需要大量的氧气，故要加大通风量；后期随着醋酸菌大量繁殖，氧化酶大量分泌，催化乙醇与空气中的氧结合形成醋酸。发酵液中的酸度不再上升时发酵结束。
