果品的冷冻干燥工艺流程如下：粗加工－精加工－冰点以上预冷－冻结－真空升华蒸发－加热－真空解除－冻干料整理－真空或充氮包装。
根据不同的果品，首先进行粗加工和精加.工，粗加工包括原料的选择、去除杂物、清洗等，精加工主要是去皮、切分、烫、沥水、称重、精分类分级等；然后对加工好的产品进行预冷，预冷的目的是在低耗能的条件下迅速使产品的温度降至1～5℃，这样就减轻了下道工序的冻结冷负荷，因为高温和低温状态下制冷效率是有很大区别的。
许多冻干工艺没有冰点以上的预冷环节，这也是冷却速冻一体化、增大制冷负荷、加大制冷成本和投资的原因之一。预冷的方式有很多种，其中真空预冷速度快、效率高，可联合使用抽空设备。
预冷结束后，迅速把产品移入冻结装置进行快速冷冻。一般情况下，冻结速度越快，冻干产品的质量越有优质的条件，一般要求冻结温度-25℃以下，几十分钟或数小时冻结完毕，但太低的冻结温度往往增加耗能，这就需冷负荷大、冷冻效率高的装置。一般资料给出的冻结速度仅供参考，在实际操作中应根据不同果品进行试验和调节。
冻结完成后迅速进行真空升华，工作真空度维持在100～150帕之间较适宜。工作温度低于食品共晶点温度1℃左右，温度太低时脱水时间长，产品质量下降。真空度的维持一方面靠设计合理的真空泵，一方面需要水蒸气的冷凝控制，两者联合控制，使工作真空度稳定在适宜物料升华的范围内。
真空升华阶段后期需要加热排湿，属物料的剩余水分蒸发阶段，此时冻结水分已全部蒸发，产品已定型，所蒸发的是没有冻结的水分，适当提高温度可提高脱水速度。温度要逐渐升高，但一般不超过40℃，在30～35℃停留2～3小时（设备不同，物料不同，时间也不同）。
干燥脱水结束后，解除物料环境的真空状态，取出成品，同时对冷凝器加热、化霜、排水。冻干的产品取出后，要迅速整料、分类、定量、包装。最好采用真空或充氮包装，以提高产品的贮藏质量。
冷冻干燥适合生产优质果品的干制品，但其投资和运行费用太高，限制了这种先进技术的应用和推广。
