胡萝卜肉质根分叉，是胡萝卜主根生长发育过程中生长点（主根或肉质根）受到抑制或遭到损伤，使得侧根膨大而引起的一种常见生理病害。
① 种子质量
种子的质量直接影响到胡萝卜的品质，一旦选择了质量差的种子，即使后期科学管理，也难以长出品质优良的胡萝卜。一般胡萝卜种子寿命为2～3年，但是陈旧的种子生命力和生长势较弱，主根生长点的生长和伸长较慢，遇到较硬土壤层易形成叉根。
而且，陈种子的生活力较弱，发芽不良，影响到幼根先端的生长，有的胚根受到破坏，易产生分叉；雨季收获的种子由于授粉不良，易形成无胚或胚发育不良的种子，采用这些种子，肉质根容易产生分叉。
②土壤因素
胡萝卜在土壤中完成整个生长发育阶段，对胡萝卜后天的生长发育起到关键作用。在沙壤土中，生长旺盛，根形美观，但耐旱性和耐热性弱，品质稍粗、味淡，贮藏性相对较弱；在黏土中栽培，根发育迟缓，侧根、弯根发生多，但耐旱性和耐热性强，肉质细密，贮藏性好；土壤中有碎石、砖、瓦块、树根等硬物，会阻碍主根生长，产生分叉；耕作层浅而坚硬的地块主根易生长受阻，促使不定根生长发育，产生分叉。
③施肥问题
合理、科学的施肥，能给胡萝卜的生长提供能量，起到很好的促进作用，而施肥过量或施肥不均匀，有可能导致胡萝卜根尖部位土壤ec值过高，主根的根尖受高浓度的土壤离子浓度影响而促使不定根生长，引起胡萝卜分叉。施用新鲜的鸡、牛厩肥，易引起分叉。施用碳酸氢铵或尿素等铵态氮肥作基肥时，也易引起分叉，在使用地膜覆盖时分叉更为严重。
④管理不当
浇水也是影响胡萝卜品质的重要因素之一，特别是在主根膨大期浇水不合理，或者在这个时期遇干旱天气而不浇水，会使土壤过度坚硬，主根下扎不下去形成分叉。
在浇水时浇不透水或地势较高处分叉现象尤其明显。土壤水分多时，土壤中氧气少，逐渐抑制根的发育，导致根形短、须根多。灌溉不足、土壤上湿下干时，也会使主根生长受阻，促进侧根发生。
胡萝卜生长发育期，如果遇雨水较多，根部土壤被冲刷掉，造成根上部向一侧歪斜。这种情况下，如果不进行培土，根在后来的发育过程中会发生歪曲，形成畸形根。要求在雨后及时进行培土。
⑤地下害虫危害
蝼蛄、蛴螬等地下害虫对胡萝卜的主根咬食，使主根受到破坏，促使不定根生长，造成分叉。
⑥种植密度不够
播种密度不足或由于发芽率低，缺苗严重，造成株间距离过大，植株生长旺盛，营养充足，使得侧根发生几率提高，形成分叉根相对就多。
