发酵床养猪生猪生存环境改善，猪体抗病力增强，但猪患病率降低，并不意味着发酵床养猪不得病。因此，应强化消毒防疫观念，尤其对于发酵床养殖和传统养殖模式混养猪场，更不要疏于管理。
1、发酵床猪舍消毒要求
发酵床养殖场大门口设有消毒池、人员消毒室等消毒设施。猪在上床前，应对发酵床舍消毒处理，如对空气、墙面、水泥饲喂台以及铁栅栏等消毒。猪场消毒时，不得将消毒液喷洒于发酵床垫料上。
猪得病后，如发酵床垫料被寄生虫或病菌污染，可将猪出栏销毁或隔离治疗，将发酵床垫料进行二次发酵，以达到杀灭病菌目的；或者将被污染的垫料全部清理掉，重新制作。被污染垫料全部清理后，应对发酵床各个部位、各个角落全面消毒，以保证再次进猪的安全。
2、正常生产消毒方案
聚维酮碘溶液、碘酊、乙醇、高锰酸钾等，可直接对发酵床消毒，按推荐剂量使用，2～3天消毒1次；戊二醛溶液、二氯异氰尿酸钠溶液、新洁尔灭溶液等，可对舍内空气消毒、带猪消毒，按推荐剂量使用，2～3天消毒1次；盐酸溶液、氢氧化钠溶液、苯酚、双链季铵盐、癸甲溴胺等，可对发酵床猪舍外环境、舍内固化地面、墙壁、屋顶、过道等消毒，但不能直接对发酵床消毒，按推荐剂量使用，1周消毒1次。
3、猪出栏后或疫病期猪舍消毒方案
空舍清扫后，将垫料堆积并覆盖，关闭门窗，对垫料表面、舍内固化地面、墙壁、屋顶、过道等，直接用盐酸溶液、氢氧化钠溶液、苯酚、双链季铵盐、癸甲溴胺按比例消毒。静置猪舍7～15天后，摊开垫料，表面铺10厘米锯末等软质新垫料。
用戊二醛溶液、二氯异氰尿酸钠溶液、新洁尔灭溶液进行舍内空气消毒，或用高锰酸钾、福尔马林熏蒸消毒，静止24小时，充足通风后可以进猪。
发酵床菌种不同，消毒用药种类不同。各地参考该方案时，结合自己养殖场的发酵床菌种抗药性，灵活调整。发酵床猪舍并非不能消毒。
