进入发酵舍的猪必须健康无疫，最好大小均衡。尽量采用自繁自养、单栋“全进全出”的生产模式，猪品种应一致。本场健康猪可直接发酵床饲养，外购种猪建议从有《种畜禽经营许可证》的种猪场进，先饲养于观察栏中，驱虫、健胃并按程序防疫，防止疾病发生。
发酵床养猪，还需要从以下几个方面加强猪的饲养管理：
一、加强垫料管理
根据猪生长阶段，合理调整垫料翻挖频率。一般育肥后期垫料5～7天翻挖一次，翻挖频率过高，并不能提高发酵床分解粪污功能。
二、调整发酵床饲养密度
随着猪的生长，单位面积饲养猪的头数逐渐减小，要逐渐扩群。猪饲养密度小，易降低发酵床发酵温度，导致发酵床失败。夏季育肥猪的饲养密度应降低。
三、夏季减缓热应激
采取猪舍安装湿帘――风机降温系统、增加滴水或喷水设施、安装遮阳网、扩大发酵床水泥饲喂台面积、垫料减少翻挖次数、调整日粮配方等方法，减缓热应激不利影响。
四、冬季注意保暖除湿
冬季发酵床垫料铺设厚度一般为90～110厘米，比夏季厚。适当增加垫料翻挖次数，提高菌种活性。南方由于冬季不寒冷，将卷帘式猪舍的卷帘放下，或窗外用帆布或草帘轻微遮挡。
北方应注意保暖。猪舍前后窗应密封，后窗可用双层塑料布封盖或砖堵塞，并防止贼风穿入。墙体加厚。注意天窗（屋顶通风口）的开关，必要时可减少天窗的开口。
五、预防接种
自繁自养的猪场可以按照免疫程序进行预防接种。外购仔猪进场后，一般为安全起见，要全部进行一次预防接种。接种疫苗时（按照疫苗标鉴规定的计量和要求操作），对于成熟免疫程序不要轻易调整。发酵床养猪应加强疫苗防疫。
六、驱虫
猪体内的寄生虫以蛔虫感染最为普遍，主要危害3～6月龄仔猪。发酵床养猪主要是预防猪蛔虫、鞭虫和绦虫，具体药物及用量参照相关说明。驱虫后应及时翻挖垫料。
