发酵床养猪生猪生存环境改善，猪体抗病力增强，但猪患病率降低，并不意味着发酵床养猪不得病。
因此，应强化消毒防疫观念，发酵床管理至关重要。良好的发酵床管理，可以促进猪的健康生长，保持猪舍无臭味，延长垫料使用寿命。
①检测垫料温度
用温度计测定垫料20厘米深处温度，确保40℃以上，正常为40～50℃。低于40℃表明发酵床菌种分解粪尿能力减弱，需进行翻挖。夏季垫料温度可低于40℃。
②检测空气相对湿度
山东地区夏季炎热，空气干燥，空气相对湿度低，垫料易干燥。冬季猪舍常采取保暖措施，空气流通性差，猪舍相对湿度偏高。对此，根据垫料干湿情况及舍内相对湿度变化，采取相应通风等措施。
③观察垫料泥泞状况
猪在垫料上排泄，长时间不翻挖，易导致局部垫料泥泞化。泥泞化区域应该小于40%，如果泥泞化区域面积过大，发酵床易失败。
④观察猪舍内氨气情况
饲养管理良好时，猪舍内无氨气味，只有略微的酸香味。猪舍内氨气味过高，表明垫料内可能缺氧，有氧发酵受到抑制，此时应及时翻挖垫料。
⑤观察垫料表面干燥状况
受外界温度及通风影响，垫料表面的水分易蒸发，导致垫料表面干燥，粉尘增多，猪易得呼吸道疾病。采取措施为在在垫料表面喷洒发酵床菌种水溶液。
⑥观察猪的行为
根据行为判断猪健康状况。冬季猪扎堆，表明发酵床垫料温度低或猪舍保暖性能差。猪在水泥饲喂台上长时间趴卧，表明猪受热应激不利影响。正常情况下，生猪在垫料上散开趴卧或自由活动。
对于初次进行发酵床养殖的养殖户，应先少养猪，待掌握管理技术后再扩大饲养规模。对于发酵床规模化猪场，建议建立管理表格，落实责任到人，每天记录发酵床状况。根据发酵床变化情况，进行垫料翻挖或表面洒水等。
正常的垫料中心部无氨味，水分含量为45%（手握不成团，较松），20厘米深处温度在40℃以上，ph7～8。
