蒜薹是大蒜抽生出的花茎，主产区蒜薹的收获期一般集中在4～6月份，采收后若在自然条件下储存最多能存一周。如长期保存，有两大难题：
一是薹梢霉变。蒜薹的薹梢部位虽然几乎没有食用价值，但却最易受灰霉菌、链格孢霉等多种病原真菌侵染，且多在田间采收前就已经被真菌孢子侵染，储藏期间遇到适宜的温度和湿度环境则迅速繁殖扩散，传染力极强，不仅在薹梢发病，甚至扩展至薹茎中部、根部，出现霉烂症状，导致整袋蒜薹发病，俗称“烂窝病”，严重时可致整库蒜薹霉烂。
二是薹苞膨大、薹茎老化、变黄。蒜薹薹苞是花茎顶端的总苞，其生物学作用是开花结果。在蒜薹采收后，薹苞处于发育旺盛阶段，随着储藏期的延长，薹苞会发生膨大，而薹茎的营养成分和水分则不断向薹苞转移，使得薹茎自身发生纤维化、黄化，丧失食用价值。
近年来，随着蒜薹储藏技术的发展，产业中逐渐形成了“冷库+保鲜袋+保鲜剂”的保鲜模式，即冷库冰温储存控制温度，对老化和霉变都有一定的抑制作用；保鲜袋调节湿度和气体成分，结合低温能有效控制老化和黄化；保鲜剂蘸梢或喷梢处理（只处理最易最先霉变的薹梢部分），结合低温能有效控制霉变。
目前，主产区常用的保鲜剂多为咪鲜胺为主要成分的复配乳剂。咪鲜胺是一种广谱、高效的杀菌剂，多用在蒜薹入储前或库内预冷期间，进行蘸梢或喷梢，晾干后装袋，达到抑菌防腐目的，同时兼有对薹梢保绿防衰的作用。
常见处理流程是：对蒜薹进行保鲜剂蘸梢或喷稍处理后进行预冷，预冷后装入保鲜袋进冷库储存；对于出口蒜薹，一般在出库后、出口前还会进行一次初加工，即切掉薹梢部分。采用这种模式，蒜薹的储藏期已能延长到8～10个月（红薹8个月，白薹10个月），不仅极大地满足了国内外市场对蒜薹供应的长期需求，也促进了产业减损增收。
现阶段，除当地鲜销和短期储存的蒜薹外，大部分蒜薹（包括出口蒜薹）基本都是按照这个方式储藏的。由于市场、贸易等因素需要长期储藏或长途运输的蒜薹，如不使用保鲜剂处理，储藏期很短，且损失率较高，所以现阶段蒜薹储藏保鲜在一定程度上依赖于保鲜剂。
农业农村部农产品收储运环节质量安全风险评估重大专项2016年开展蒜薹中咪鲜胺安全性专题评估，从咪鲜胺残留代谢情况上看，冷库条件下储藏期降解率可达90%，残留量远低于gb2763《食品安全国家标准食品中农药最大使用限量》中咪鲜胺在菜薹上的限量2mg/kg，风险完全是可接受的。
