菠菜常见的采种方式有三种。在实际采种过程中，需要根据具体情况选择合适的采种方式，以确保获得高质量的菠菜种子。
一、秋播老根采种
秋季进行播种，让幼苗以露地越冬的状态度过，翌年春天便会抽薹、开花、结籽。在北方地区，9 月播种时，日平均气温为 16 至 17 摄氏度，对于叶原基的分化仍较为有利。当花芽分化时，幼苗虽然仅有 4 至 5 片展开的真叶，但总叶数（展开的叶片加上未展开的叶片）已达到 16 至 17 片。
当春季抽薹时，植株已具备良好的营养生长基础，因此种株生长健壮，分枝多，开花结籽丰富，籽粒大而饱满，种子产量高，每亩约可达 150 千克。同时，经过连年冬季严寒的锻炼和自然选择的作用，后代的抗寒性得以有效保持和提高。
二、近冬播寄籽采种（埋头采种）
这种采种方式下，种株的栽培方法与埋头菠菜相同。种子以萌动的状态在土壤中越冬，翌年春天出苗、抽薹、开花、结籽。
在北方地区，11 月上中旬至 12 月上旬播种时，日平均气温已下降至 4 摄氏度左右，叶原基的分化变得缓慢。到次年 3 至 4 月花芽分化时，幼苗仅具 1 片展开的真叶，总叶数仅约 10 片左右。相比秋播老根采种，抽薹时的植株营养体较小，种株的分枝数也少，籽粒相对较小，种子产量也相对较低，每亩约为 120 千克。
由于早春出苗后温度逐渐升高，苗期并未经历严冬的考验，所以在抗寒性的保持和提高方面不如秋播老根采种。因此，这种方式不可连年采用。其优点在于占地时间较短。
三、春播当年采种
种株的栽培方法与春菠菜相同。早春播种后，由于温度逐渐升高，日照时间逐渐加长，出苗后 20 多天就开始抽薹。此时的总叶片数仅约 8 片，所以种株的营养体很小，花薹细弱，分枝很少，甚至没有分枝，开花结籽少，种子不够饱满，发芽率低。
在这三种采种方式中，种子产量处于最低水平，每亩约为 75 千克。由于无法通过自然选择和人工选择来有效保持其抗寒性，若连年采用此种采种方式，会导致种性退化，抗寒性减退。作为越冬菠菜的生产用种，更不适宜采用春播采种法。
