1、定干高度
木瓜定干高度适宜在60-80厘米。下层留枝过低，易造成下强上弱，且木瓜果大，下部结果后易触地，造成通风透光不良，病虫发生严重，也不便于地下管理。对弱苗要重短截促发新枝重新定干，对已定干的小树疏除下部枝，抬高主枝的位置。
2、中心干的处理
为保持中心干直立健壮和防止上强下弱，在定干后的1-5年内，对中心干延长枝每年剪留40-50厘米，其上的竞争枝要及时拉平或用来换头，每年剪留的中心干段内选留2-4个侧枝。
如中心干过旺，上部光秃的要刻芽促枝，或是把延长枝拉向无分枝的一侧，在其背上刻芽重新培养中心干，延长枝。
对严重上强下弱树，将中心干从多年生部位锯除，留上部的一个较直立枝作为新的延长枝，促下控上，逐步使树冠上下生长一致。
3、侧枝的处理
自由纺锤形侧枝不宜过粗过大超过中心干，在选留侧枝时，采用单轴延伸、不分层、无侧枝的培养方法，其上直接培养枝组。
每年除对中心干延长枝截留40厘米使其保持一定生长势外，同时要疏除剪口下的竞争枝、辅养枝上较大的分枝，以削弱主枝生长势，起到缓前促后、开张角度的作用。
4、辅养枝的处理
中心干上的辅养枝在整形期间应临时保留，一般不疏除、不短截，但要拉开角度，拉向缺枝空间，这样经过一二年缓放处理即可开花结果。这时对成花枝一般不动剪，强而长的枝用弱芽当头，抑前促后，促生短果枝结果，细而密的中、长枝适当疏剪。主枝增粗后，树冠枝条出现密挤时，疏除一部分辅养枝。
5、枝组的处理
由于树体较小，在枝组配备上以中小型为主。培养方法是先缓后截，或由果枝结果后的果薹枝进行适当短截。枝组以着生在两侧为好，兼顾背下，控制背上，以“串”形为主，对局部过旺枝采取环割、刻芽促其成花，缩小体积。
6、枝条的处理
修剪时对枝条以轻剪长放为主。在7年生皱皮木瓜树上对中心干上抽生的侧生枝进行不同程度的短截和长放试验，长放的枝量和中短枝形成数量都比各种短截的枝量多，冠径和树高与短截的差异较小，长放的产量是短截的6.87倍。
