黄连的常见病害主要有黄连茎基腐病、灰霉病、白粉病、炭疽病、白绢病、病毒病、紫纹羽病、列当病等病害，下面我们分别介绍一下其防治方法。
一、黄连白绢病
(1)农业防治。田间应连土壤带黄连病株同时挖除，再填上新土防止蔓延。实行轮作，可与禾本科作物轮作，不宜与感病的玄参、芍药等轮作。适时收获，收获的最佳季节是在立冬前后。
(2)药剂防治。用50%石灰水对病株和病穴周围土壤消毒。田间发病时，用50%多菌灵可湿性粉剂800倍液灌淋植株，或用50%退菌特可湿性粉剂500-1000倍液喷洒，每隔7-10天喷1次，连续喷3-4次。
(3)利用哈茨术霉防治。
二、黄连列当病
(1)农业防治。病害发生时及时将病株、病土挖起，深埋或烧毁，时间最好在7月上、中旬种子未成熟前清除干净。
(2)药剂防治。用0.2%的二硝基磷甲苯酚喷洒，有一定的效果。
三、黄连茎基腐病
(1)农业防治。及时拔除病株、摘除病叶，病穴撒施石灰消毒。发病前后应控制浇水，适当通风。产区干旱可覆地膜栽培，也可与非寄主作物轮作，田间操作时应避免造成伤口传病。增施磷、钾肥，控制氮肥，提高植株的抗病能力。
(2)化学防治。每年3月发病初期，用50%乙霉威可湿性粉剂1000倍液，或50%异菌脲可湿性粉剂1000-1500倍液，或50%腐霉利可湿性粉剂1000-2000倍液，或10%多氧霉素可湿性粉剂1000倍液。隔7-10天喷1次，连续喷洒3-4次，几种药剂也可交叉喷施。
四、黄连炭疽病
(1)农业防治。实行轮作，加强栽培管理。及时拔出发病严重的植株，黄连收获后清除病株残体，集中烧毁，可减轻发病。合理施肥，提高黄连的抗病力。
(2)化学防治。在苗期、生长中期，如果出现发病中心，应及时喷药保护。较常用的药剂有：50%甲基托布津可湿性粉剂、10%苯醚甲环唑可湿性粉剂、25%多菌灵可湿性粉剂等，在发病部位每7-10天喷1次，连续喷3-4次即可控制病害的蔓延。
五、黄连灰霉病
黄连灰霉病的防治采取以农业防治为主、药剂防治为辅的综合措施。
①及时清除病残体，发病初期应及时摘除病叶、病枝，集中烧毁。
②加强放风排湿，防治湿度过大，减少结露。
③发病初期用50%多菌灵可湿性粉剂50%甲基硫菌灵可湿性粉剂或40%百菌清悬浮剂。
