黄连的繁殖方法有两种：无性繁殖，即扦插繁殖，具体包括走茎扦插、根茎繁殖；有性繁殖，即种子繁殖。下面分别介绍一下。
一、扦插繁殖
这是黄连繁殖的辅助方法，味连也可采用根茎分株繁殖，雅连、云连可用走茎扦插繁殖。其优点是直接剪取稍带根茎的连苗，进行扦插，用时很短，缺点是繁殖系数较低、生活力较弱、不能保持优良种性，影响根茎的药用价值。操作方法是：
如果扦插，就直接将收获的黄连根茎从顶端10-13毫米处连茎叶剪下作为扦插条，随后剪栽，将叶柄全部栽入土中，留叶片在外，土要压紧压实。如果根茎分枝繁殖，就将根茎粗壮、顶芽饱满、叶盛的全株拔起，剪下根茎中下部作药材加工用，留下带叶的根茎上端（长约1厘米）及宿存芽作繁殖材料用（俗称“剪口秧子”）。
二、种子繁殖
这是黄连繁殖的主要方法，味连、峨眉野连、短萼黄连、云连都采用种子繁殖。其优点在于植株的生活力强、适应性广、繁殖数量大，缺点是生长周期很长，费时。具体操作方法是：
黄连生长3-4年种子差不多成熟（约为立夏前后），采收后不能日晒，需要在室内贮藏1-2天，要等到种子脱粒。
此时脱粒的种子还不能直接用于田间播种，因为黄连的种子有胚后熟阶段，还需在室温贮藏条件下度过冬季低温，种胚才能分化完成，才有一定的发芽力，种子播后才可出苗。比如采集4月中旬成熟的种子要贮藏到翌年的4月下旬，在此期间，还须保持相应的水分条件。
实际操作中，为了缩短种子的胚后熟阶段和提高发芽率，可用赤霉素、或生长素与赤霉素并用浸种，再沙藏低温处理，能使从正常时间的7-8个月提前为2个月。
