过去栽培黄连一直是毁林搭棚，不仅劳动强度大，且收效甚微，更严重的是破坏天然林，造成大量的水土流失。
近年来，随着生态环境意识的加强及科学化种植的成功探索，我国很多黄连产区已从传统的砍林搭棚走出来，总结出优质高产、切实可行的一整套栽培技术，向林间栽培、林下栽培与搭棚栽培结合，熟土栽培、造林栽培及间套作物发展，收到了很好的效果，而且很多产区走上了致富的道路。
林间栽连
由于黄连需要荫蔽的环境，如果不人工搭棚的话，就要选山中林间荫蔽良好的树种用来遮蔽黄连苗。通常选矮生、常绿落叶阔叶混交林地，或选常绿针、阔叶混交林，千万不能选高大的乔木做树种，因为树冠的高低可直接影响黄连的产量，如果树冠很高，下雨的时候从上往下滴水对黄连的根冲击很大，浅根很易被冲出来，影响黄连的成活率。
近几年来在低海拔（<1000米）地区试种黄连，已初步取得成功。只要根据黄连的生长习性，选择适宜黄连的生长环境，比如针对黄连喜阴、低温、高湿等特点选择一些山沟、谷地，或阴坡林间栽培，黄连就有可能在低海拔地区成功种植。
熟土栽连
这种栽培方式也不需要搭建人工荫棚，选择肥沃疏松、有机质含量高的沙壤土（比如菜园土）就可进行栽培，但是需要适当的田间管理。
