要想提高黄连的出苗率和产量，在苗期就要加强管理，做好下面几件事：
(1)间苗
在黄连出苗后，观察苗的稀疏度，过密处就拔出小苗、弱苗，保持良好的株距；在幼苗长出1-2片真叶时，同样在过密处拔去部分弱苗，保持苗的株距在1厘米左右。留苗的数量一般每平方米400-500株为宜。
(2)除草
从间苗开始，就要经常拔除田间杂草，保持黄连苗较高的生活力。小草可直接用手拔除，为了不使黄连苗一起拔出，大草应压住根际拔除。
(3)培土
因为黄连幼苗生长缓慢，且根少、扎根浅，雨后很容易将幼苗根部冲露或冲走，应及时将冲露的根用细腐殖质土撒于畦面，冲走的根及时补上，覆根稳苗，以保正常生长。
(4)淋水
黄连苗期需水量很大，要经常保持土壤湿润才能保证高的出苗率，淋水时间最好在早晨、傍晚进行，水要干净。
(5)施肥
间苗后施第1次肥，每亩用尿素3千克加水1000千克或清淡人畜粪尿1000千克泼施。有些产区水源不足或潮湿多雨，可就地取半干半湿细土和尿素充分混合，露水干后撒施，为了避免烧伤小苗，施后将附在叶面上的肥土用细竹枝条轻轻扫掉。如果夏季播种，到7-8月施第2次，秋冬播种就在第2年3-4月再施一次。
(6)上营养杯
近距离的产区移栽不用上营养杯，可带土直接移栽。远距离一般在幼苗3-5片真叶时上营养杯，营养土可采用菜园土、火烧土和腐熟禽畜粪的混合土，杯的口径约为7厘米×高10厘米就可以，管理方法同苗床苗的管理。
