枝条菌种就是将食用菌菌种接种在树木的枝条上，待枝条长满菌丝后用于扩繁的栽培方法，采用枝条菌种方法可加快菌种的发菌速度、提高菌种成品率。
从各地生产离实践来看，制作和使用枝条菌种时应注意以下几方面：
(1) 选用阔叶树硬杂木枝条
不能选用富含芳香物和油脂的树种如松树、杉树、桉树、香樟等的枝条，选用阔叶树硬杂木的枝条内部含菌量较高。
(2)枝条使用前要浸水处理
枝条要经石灰水浸泡处理24小时，吸足水，并调整好ph值。
(3)装袋比例
装袋时枝条要与一般的常规料混在一起，比例约1：3既填充了空隙，又可作为菌丝生长媒介，有利于菌丝长入枝条，加快发菌速度。
(4)做好灭菌消毒工作
由于枝条菌种内部的空气交换和热传递速度相对木屑等慢，热不易穿透枝条，所以枝条菌种的灭菌时间要比常规料长。使用时，菌袋插入枝条菌种前，插入点外部要涂抹杀菌剂，插入后的口子要用消毒过的胶带封口。
(5) 发菌管理
发菌管理基本同常规，但由于枝条菌种的发菌点多，生长速度快，内部热量多，高温期制种，不能堆得过高，间隔要大些，防止高温灼伤菌种。
