食用菌母种质量鉴别有好几种方法，农村的条件一般经过表面观察，基本上能确定菌种的优劣，并最后通过出菇来验证。
(1)优质菌种
从外表上观察，优质菌种总体表现为：纯度高、无病虫；色泽白、有弹性；生长旺、吃料快；培养基、紧贴壁；闻棉塞、菇香味。
要说明的是，不同品种的食用菌外观略有差异，就菌丝颜色来说，多数品种是白色的，但有的品种如草菇的菌丝为灰白或银灰色；滑菇的菌丝起初是白色的，以后转为奶黄色；鸡腿菇菌丝由原来的白色，长满管后却变成银灰色到灰色，这种现象可作为鉴别鸡腿菇菌种纯度的有效方法。
很多食用菌品种的菌丝还有分泌色素的特性，如香菇菌丝生长后期能分泌酱油色的液滴，可作为优质菌种的标志；木耳菌丝生长后期颜色会转深，分泌出褐色色素；金针菇、猴头菇等菌丝也能分泌色素，使培养基颜色变深。
(2)劣质菌种
有下列现象的菌种为劣质菌种，应予淘汰。
①菌丝颜色不纯，不表现原有品种的色泽。其原因是菌种不纯，菌种老化或退化，或培养基不合格。
②斜面上形成原基或子实体。除了少数品种，如草菇会产生厚垣孢子，猴头菇、灵芝等菌丝生长后期易出现子实体原基，但是多数品种若出现上述现象，说明菌种衰老、退化。
③菌丝密度不均匀，出现小团块状。除了容易产生分生孢子或节孢子的杏鲍菇等品种属于正常外，一般应淘汰。
④菌丝稀疏，不能遮盖斜面。除了茯苓、密环菌等品种固有的特性外，多数品种应视为表现不良，或是菌种老化、退化、病态等问题。
⑤彩色或粉状菌种。管内出现绿、橘黄、灰、黑等其中一种颜色，或管内、管壁、棉塞上有粉状、颜色各异的，多数为杂菌污染，粉状的多为杂菌孢子。
⑤“斑秃”菌种。多为细菌感染或病态，被感染区不长菌丝。
(3)质量差的菌种
由于培养管理不当，菌种质量较差，一般也应淘汰，如果菌种来源稀缺，或其他原因必须使用，也可通过转接、复壮等办法继续使用。
①气生菌丝倒伏、贴壁或生理性萎缩。出现这种现象是由于菌龄长或温度高或培养基营养消耗过多等原因，如及时转接到新培养基上，菌丝可以恢复正常。
②斜面出现裂纹，缝隙中有大量菌丝。这种现象的出现是由于培养基水分不足，琼脂用量过多，温度较高，培养时间过长等原因。
③斜面干瘪，收缩、离壁。由于存放时间过长，菌龄过长等原因引起。
不论是优质菌种还是质量差的菌种，都要经过出菇试验才能证明其优劣，是否可被选用。所以，当引进一个不熟悉的菌种时，不仅要观察外形，而且一定要做出菇试验。
