所谓三大微生物肥料是指：微生物菌剂、复合微生物肥料、生物有机肥。
一、微生物菌剂
对应的标准是《农用微生物菌剂》gb20287-2006，包括农用微生物菌剂和有机物料腐熟剂两大类产品。
1、农用微生物菌剂的主要技术指标是：有效活菌数(cfu)≥2.0亿/g(ml)(颗粒≥1.0)；其中复合菌剂，每一种有效菌的数量不得少于0.01亿/g(ml)；以单一的胶质芽孢杆菌制成的粉剂产品中有效活菌数不少于1.2亿/g。农用微生物菌剂有杂菌率的要求，液体≤10%，粉剂≤20%，颗粒≤30%。粉剂的含水量要求≤35%，颗粒的含水量≤20%。
2、有机物料腐熟剂的主要技术指标是：有效活菌数(cfu)≥0.5亿/g(ml)，(液体≥1.0)；纤维素酶活（以农作物秸秆类为腐熟对象测定纤维素酶活）≥30u/g(ml)，蛋白酶活（以畜禽粪便类为腐熟对象测定蛋白酶活）≥15u/g(ml)。农用微生物菌剂和有机物料腐熟剂的保质期均为6个月（液体剂型的为≥3个月）
二、复合微生物肥料
对应的标准是《复合微生物肥料》ny/t798-2004。复合微生物肥料是指特定微生物与营养物质复合而成，能提供、保持或改善植物营养，提高农产品产量或改善农产品品质的活体微生物制品。
其主要技术指标是：有效活菌数(cfu)≥0.2亿/g(ml)（液体≥0.5）；含两种以上微生物的复合微生物肥料，每一种有效菌的数量不得少于0.01亿/g(ml)。
总养分(n+p205+k20)%≥6．0%（液体≥4.0）。这里还有一条，总养分应该不超过25%。虽然标准里没有明确规定，但是管理部门目前是按照这个标准执行。下一版的标准修订后应该会出现相应的数据。
复合微生物肥料同样也有杂菌率的要求，液体≤15%，粉剂和颗粒≤30%。粉剂的含水量要求≤35%，颗粒的含水量≤20%；复合微生物肥料的保质期为6个月（液体剂型的为≥3个月）。
三、生物有机肥
对应的标准是《生物有机肥》ny884-2012生物有机肥指特定功能微生物与主要以动植物残体（如畜禽粪便、农作物秸秆等）为来源并经无害化处理、腐熟的有机物料复合而成的一类兼具微生物肥料和有机肥效应的肥料。
其主要技术指标是：有效活菌数(cfu)≥0.2亿／g，有机质（以干基计）≥40%，水分≤30%。生物有机肥的保质期为6个月，对杂菌率没有要求。
