如果土壤缺乏某种微量元素，而施肥中又没能补施该种微肥，则会造成农作物病害，甚至减产、绝收。
因此，增施氮、磷、钾肥料后，还要注意农作物的生理表现，及时合理施用微肥。
(1)锌肥
作基肥、种肥和根外追肥，常用的是硫酸锌和氯化锌。可以与生理酸性肥料混合施用，但不要与磷肥混合施用，锌在土壤中不易移动，施肥要均匀。作基肥时，每亩用0.5～1千克，带肥下种时每亩0.20千克，浸种用的浓度为0.02%～0.1%，播种时用5～6克拌种1千克，叶面喷施的浓度为0.01%～0.5%，每亩用0.1～0.15千克。
(2)硼肥
硼砂和硼酸最普遍，属水溶性速效硼肥，可作基肥、种肥、种子处理和根外追肥。土壤施肥一定要均匀，避免局部区域浓度过高，引起毒害，可与氮、磷、有机肥等混合施用。叶面喷施浓度为0.1%-0.5%，每亩用0.1～0.15千克。
(3)锰肥
常用的是硫酸锰，属水溶性速效锰肥，施用到中性或碱性土壤中，很容易转化成难溶性形态。采用根外追肥、浸种或拌种等施肥方法，最好与硫酸铵等生理酸性肥料或过磷酸钙等酸性肥料以及有机肥混合施用，以减少土壤固定。叶面喷施浓度为0.1%～0.5%，每亩用0.3千克。650倍的锰营养液可提高作物的光合强度，降低呼吸作用。
(4)铜肥
作基肥、种肥、种子处理、追肥和根外追肥，常用的铜肥是硫酸铜。硫酸铜作基肥，最好与生理酸性肥料配合施用。拌种时，将肥料先用少量水溶解，再均匀地喷在种子上，阴干播种。叶面喷施浓度为0.02%～0.04%。500倍的铜营养液可加深叶色，抑制真菌、细菌性病害，保护植株，特别是对土传菌引起的死株效果独特。
(5)钼肥
作基肥、种肥、追肥，钼酸盐应用比较广泛，钼酸铵、钼酸钠常用于种子处理和根外追肥。钼和磷有相互促进的作用，可将钼肥与磷肥配合施用。叶面喷施浓度为0.1%～0.5%，每亩用0.1～0.15千克。
(6)铁肥
铁肥多用硫酸亚铁，因为硫酸亚铁在土壤中很快转化成不溶性高价铁而失效，所以目前多采用喷施，每亩用0.3～0.6千克。800倍的铁营养液可防止作物新叶黄白、果实表面色淡等。