一、作用方式不一样
草甘膦是甘氨酸类，为内吸传导型广谱灭生性除草剂，阻碍蛋白质合成，同时通过茎叶传导到地下部分，强力破坏深性根杂草的地下组织。草铵膦是膦酸类，通过抑制谷氨酸合成酶，导致植物体内氮代谢紊乱，铵过量积累，叶绿体解体，从而使植物光合作用受抑制，最终导致杂草死亡。
二、传导方式和效果不一样
草甘膦是内吸传导灭生，草铵膦是触杀灭生。
喷施草甘膦后一般要7-10天见效；草铵膦见效较快，正常气温下一般3天见效。
三、除草对象不一样
草甘膦对160多种杂草有防除作用，包括单子叶和双子叶、一年生和多年生、草本和灌木等植物，但它对抗性恶性杂草如牛筋草、小飞蓬等，效果不是很明显；草甘膦一般不能用于浅根或根系暴露在外的作物，如香菜、胡椒、葡萄、木瓜等。
草铵膦为广谱、触杀型、灭生型、非残留除草剂，使用范围很广，只要做到不喷到作物上，行间施药要加装盖或罩，原则上草铵膦可以用在所有作物上。草铵膦能快速杀死100种以上的禾本科和阔叶杂草，特别是对耐受草甘膦的部分恶性杂草，如牛筋草、马齿苋、小飞蓬等效果非常好，成为禾本科与阔叶杂草的克星。
四、安全性能不一样
草甘膦是一种灭生性除草剂，一般用药7天后才能播种移栽，使用不当会给农作物带来安全隐患，特别是用其防除田埂或果园杂草时，最易出现漂移药害。要强调的是，草甘膦在果园除草使用时，对果树根系有一定破坏，长期使用会导致果树黄化等现象。
草铵膦在施用1-4天即可播种移栽。草铵膦低毒、安全、快速、环保、追肥增产，对土壤、作物根系和后茬作物无影响，持效期长，几乎适用于所有作物除草，在土壤中易降解，对作物安全，不易转移，更适用于在敏感期或雾滴飘移无法完全避免的玉米、水稻、大豆、茶园、果园等的除草使用。
草甘膦因其高效、低价、人体代谢快等优势，在很长一段时间内应该还有一定市场。但草甘膦的问题主要是抗药性问题。采用混配使用是一个不错的对策。
草铵膦因其卓越的防效及良好的环保性能而较易接受。对生态要求更安全的茶园、农场、绿色食品基地等，对草铵膦的需求也越来越大。草铵膦市场前景良好，主要问题还是价格太高。目前市场上1吨草甘膦价格大约在2万元，一吨草铵膦价格大约在15万元。所以说，草铵膦的推广，价格差距是巨大的制约因素。
