猪感染流感病毒1～3天后发病，通常在第1头病猪出现后的24小时，猪群中大部分猪同时都被感染而出现症状。
感染猪表现为厌食，精神沉郁，拥挤在一起不愿走动。有明显的呼吸道症状，呼吸急促，流清涕或浓稠鼻涕，眼分泌物增多，眼结膜潮红，咳嗽。粪便干燥，小便呈黄色。
怀孕母猪可因感染siv导致流产、产死胎和早产。如果母猪配种后21天内感染病毒，胚胎还没有着床，会造成21天返情；如果胚胎已经在交配后14～16天着床，就会造成妊娠中断，延迟返情。
如果母猪在妊娠期前五周感染病毒，会造成胚胎死亡与吸收，母猪会表现为假怀孕或产仔数减少。此后整个妊娠期，母猪感染病毒都可能造成流产或分娩时娩出晚期木乃伊胎。
该病会造成公猪体温升高，降低精子品质，受精率持续降低4～5周。即使猪群感染过一种毒株后，仍然会感染另外一种毒株。猪群对流感病毒的免疫期常常很短（6个月）。
当病毒首次侵入猪群时，头两天会发现两三头猪发病，病情会迅速蔓延，大群普遍表现厌食、病态，突然出现呼吸道症状，包括咳嗽、肺炎、体温升高和厌食，并迅速扩散，繁殖系统会受到影响，急性呼吸困难的症状会持续7～10天（持续时间与母猪群大小有关）。
母猪群突然发病，迅速传播，出现咳嗽、肺炎。7～10天后临床症状退却，母猪断奶后到发情的天数延长，21天返情的母猪增多，假怀孕的母猪增多，流产率升高。
尤其是发病晚期母猪流产，死产率高和分娩过程缓慢的情况增多，产木乃伊胎。典型例子就是钩端螺旋体继发感染，会导致流产率升高。
