造成番茄幼苗萎蔫不长的主要原因是定植后根系发育不良，基质连年使用，病原菌基数大，根部病害严重，如根腐病、青枯病等。应该勤换基质，不要因为省钱而连续多年使用，从而造成经济损失，得不偿失。
浇水量偏大，土壤或者基质的湿度很大，造成了沤根、伤根。连年种植同一种作物重茬严重，作物的自毒作用非常明显。预防对策：
(1)基质消毒
最好的方法是勤换基质，但是由于成本问题，很多人不更换基质，所以定植番茄前最好进行基质消毒处理，方法有蒸汽消毒和化学药品消毒。蒸汽消毒简便易行，经济实惠，安全可靠。凡在温室栽培条件下以蒸汽进行加热的，均可进行蒸汽消毒。
方法是：将基质堆成小堆(1～2立方米)，加入水浸透。利用中午棚内气温高进行蒸汽消毒，一般在70～90℃条件下持续15～30分钟即可。
化学药品消毒可用甲醛、甲基溴（溴甲烷）、威百亩、漂白剂等。溴甲烷、威百亩对线虫、杂草和某些真菌有杀伤作用。施用时1升威百亩加入10～15升水稀释，然后喷洒在10米2基质表面，施药后将基质密封半个月。
(2)控制浇水量
可以通过少浇勤浇的方法控制浇水量。因为基质的蓄水能力差，建议每次浇水量要小，以刚好浸透基质为好。
(3)施用抗重茬剂
市面上可供选择的抗重茬剂较多，如益生元重茬剂等。也可自己配置，如多菌灵与福美双每穴各1克，复混均匀，拌基质施入定植穴，可有效缓解重茬带来的危害。
(4)加强根部病害的防治
在浇水时随水冲施恶霉灵、普力克等，预防根腐病等根部病害效果较好。
