有机水稻是在原生态环境中，从育种到大田种植不施用化肥、农药，全部采用微生物、植物、动物防治相结合的方法进行病虫的综合防治，所产大米属于国际上最高标准的绿色食品。
在《有机水稻生产质量控制技术规范》(ny/t2410-2013)中，对有机水稻生产中的病虫害防治提出了“从自身农业生态系统出发，立足因地制宜”的综合防治技术措施。主要包括：
一、农业措施
①选用抗病虫水稻品种。
②精选种子、清除病虫粒及杂草种子，用石灰水等浸种杀灭种子携带的病菌。
③冬季翻地灭茬，控制越冬害虫基数；结合整地，打捞菌核及残渣；播种前翻耕整地、淹水灭草。
④选择合理的茬口、播种时期，使水稻生育期避开易感染病虫的高发期。
⑤采用培育壮秧、合理密植、好氧性灌溉等健身栽培措施，提高水稻群体抗病虫能力。
⑥安排合理耕作制度，采取水旱轮作等措施减轻病虫草害的发生。
二、物理措施
①采用杀虫灯、粘虫板、防虫网、吸虫机和性诱剂等设施设备防治害虫。
②采用具有驱避作用的植物提取物或植物油、楝素、天然除虫菊素等物质除虫。
③采用机械中耕除草。
三、生物措施
①采用稻鱼、稻鸭等种养结合方法来控制病虫草害。
②利用青蛙、蜘蛛、赤眼蜂、瓢虫等天敌来控制虫害。
四、人工措施
采用手工或专用农具耘田除草；科学配置株行距，促进有机稻提早封行，进行压草；还可铺有机田块专用除草膜等措施进行防除。采用人工捕捉、扫落等措施灭虫。
