规模化鸡场疫病繁多且复杂，其成因主要涵盖了选址与结构的不合理、防疫硬件设施的短缺、消毒工作的不彻底、用药的不科学、饲养管理人员业务能力的不足、疾病控制的基础条件薄弱、疾病防治观念的滞后、饲养管理水平的低下等诸多方面。
然而，从生产调查的结果来看，以下几个方面的问题表现得最为显著，希望能够引起高度的关注。
1、禽病种类繁多，工作量持续增大
随着养禽业的不断发展，商品贸易往来的日益频繁，集约化饲养管理经验的欠缺，防疫卫生技术未能及时跟上等一系列原因，致使新的禽病层出不穷。
比如，鸡传染性贫血、禽传染性支气管炎、鸡传染性法氏囊病、鸡产蛋下降综合征、鸡病毒性关节炎、禽流感、包涵体肝炎、雏鸭病毒性肝炎、肾型传染性支气管炎、番鸭细小病毒病、鸭疫里氏杆菌病、肉鸡腹水综合征和隐孢子虫病等等。
2、病原出现新的变化，疫病呈现非典型化
由于病原的抗原性、致病性以及组织嗜性发生了变异，再加上禽群中免疫水平不高或者参差不齐，致使某些禽病在流行病学、症状以及病理变化等方面出现了非典型化的转变，临床症状变得更为复杂，准确诊断的难度大幅增加。
就像鸡传染性支气管炎，以前在我国流行的主要是呼吸型，到了20世纪90年代出现了嗜肾脏型，近年来又出现了腺胃型，这使得疫苗的研究变得愈发艰难。倘若使用的疫苗与流行株的血清型不匹配，常常会导致免疫的失败。
3、环境污染严重，疫病传播的机会增多
我国养禽业的环境污染问题相当严峻，相关制度不够健全，隔离措施不够严密，养殖条件简陋，饲养密度过大，环境消毒不够彻底等都是直接的诱因。另外，病死家禽处理不当，随意乱扔病死家禽，致使病原四处扩散，这也是造成环境污染的直接原因。
更有甚者，一些不法商人出于牟取暴利的目的，收购并倒买倒卖病死禽肉，不但加剧了环境污染，而且严重威胁着消费者的身体健康。由于环境污染的加剧，增加了疫病的传播机会以及耐药菌株的产生，对我国养禽业的发展形成了阻碍。
4、混合感染频繁出现，加大了防治的难度
在生产的实际情况中，随着疫病种类的增多，养殖密度的加大，再加上环境消毒不严格、预防措施不得力等原因，两种或两种以上的病原同时感染，继发感染或者病原的混合感染，在许多养殖场已经变得极为普遍。
